More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0435 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  100 
 
 		 245 aa  486  1e-136  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  67.49 
 
 		 243 aa  331  5e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  72.34 
 
 		 234 aa  323  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  68.33 
 
 		 380 aa  316  2e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  66.39 
 
 		 379 aa  308  4e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.2 
 
 		 646 aa  300  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  63.6 
 
 		 557 aa  300  1e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  63.2 
 
 		 690 aa  300  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  63.6 
 
 		 563 aa  299  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  63.6 
 
 		 559 aa  299  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  63.6 
 
 		 585 aa  298  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  63.6 
 
 		 571 aa  298  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  63.6 
 
 		 559 aa  299  4e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  63.6 
 
 		 574 aa  299  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  63.2 
 
 		 249 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  62 
 
 		 250 aa  296  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.8 
 
 		 624 aa  295  5e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  62 
 
 		 649 aa  293  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.39 
 
 		 416 aa  293  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.2 
 
 		 249 aa  292  4e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.2 
 
 		 360 aa  290  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  61.87 
 
 		 694 aa  289  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  63.92 
 
 		 610 aa  289  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  61.6 
 
 		 623 aa  288  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  62.8 
 
 		 248 aa  286  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  61.2 
 
 		 669 aa  286  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  61.2 
 
 		 669 aa  286  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.2 
 
 		 650 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  61.48 
 
 		 631 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  60.31 
 
 		 674 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  60.08 
 
 		 245 aa  281  6.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  59.27 
 
 		 245 aa  281  6.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.9 
 
 		 264 aa  281  7.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  59.92 
 
 		 627 aa  281  8.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  64 
 
 		 305 aa  276  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  56.13 
 
 		 273 aa  271  7e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  58.17 
 
 		 421 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  61.2 
 
 		 266 aa  265  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  60.63 
 
 		 278 aa  259  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  57.37 
 
 		 591 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  56.3 
 
 		 304 aa  259  4e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  49.59 
 
 		 255 aa  220  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  50 
 
 		 252 aa  195  4.0000000000000005e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  39.43 
 
 		 236 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  38.37 
 
 		 236 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  44.58 
 
 		 248 aa  164  8e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.63 
 
 		 247 aa  162  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  42.45 
 
 		 236 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.25 
 
 		 266 aa  159  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  40.16 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  39.51 
 
 		 266 aa  159  6e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  41.25 
 
 		 266 aa  158  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 266 aa  158  8e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  41.63 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 247 aa  153  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  33.74 
 
 		 227 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  41.53 
 
 		 236 aa  151  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.24 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  34.69 
 
 		 389 aa  145  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  38.52 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.73 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  42.51 
 
 		 236 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  34.44 
 
 		 298 aa  141  8e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 241 aa  141  9e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.9 
 
 		 236 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  34.44 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.21 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.74 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  37.9 
 
 		 262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  37.92 
 
 		 384 aa  138  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  36.76 
 
 		 282 aa  138  1e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  37.92 
 
 		 385 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  36.84 
 
 		 340 aa  137  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.29 
 
 		 249 aa  137  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.92 
 
 		 252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  34.44 
 
 		 248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  31.67 
 
 		 235 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.89 
 
 		 355 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  35.92 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 251 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  34.43 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  34.43 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  36.93 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.43 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.43 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.92 
 
 		 236 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.43 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.43 
 
 		 242 aa  132  5e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.93 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.93 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.93 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.93 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>