More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4225 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 236 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  95.34 
 
 		 236 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  94.92 
 
 		 247 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  90.25 
 
 		 252 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  52.97 
 
 		 236 aa  277  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  52.97 
 
 		 236 aa  275  7e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  57.63 
 
 		 236 aa  267  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.42 
 
 		 236 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  55.08 
 
 		 236 aa  248  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  52.54 
 
 		 236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  53.04 
 
 		 248 aa  232  5e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  52.54 
 
 		 236 aa  229  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  47.97 
 
 		 262 aa  218  5e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.4 
 
 		 251 aa  217  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.17 
 
 		 266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  43.63 
 
 		 266 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.82 
 
 		 267 aa  191  8e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  45.53 
 
 		 237 aa  188  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.85 
 
 		 247 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.34 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  41.28 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  36.73 
 
 		 245 aa  142  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 245 aa  142  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  35.34 
 
 		 250 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  36.25 
 
 		 380 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  36.21 
 
 		 243 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.92 
 
 		 245 aa  132  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  36.56 
 
 		 234 aa  132  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  38.4 
 
 		 557 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  37.25 
 
 		 610 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  38.4 
 
 		 421 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  37.2 
 
 		 249 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  36.4 
 
 		 649 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 559 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 571 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 585 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 574 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 559 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  37.6 
 
 		 563 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  37.01 
 
 		 631 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.95 
 
 		 416 aa  124  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.2 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.4 
 
 		 249 aa  122  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  30.71 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  36.22 
 
 		 627 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  34 
 
 		 624 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  32.66 
 
 		 591 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  34.25 
 
 		 694 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  34.54 
 
 		 623 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  34.14 
 
 		 690 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  35.83 
 
 		 674 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.14 
 
 		 646 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  32.66 
 
 		 278 aa  115  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  34.54 
 
 		 669 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  34.54 
 
 		 669 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  32.26 
 
 		 248 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.54 
 
 		 650 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.68 
 
 		 266 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.26 
 
 		 360 aa  112  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  31.82 
 
 		 379 aa  108  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  29.85 
 
 		 304 aa  107  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.87 
 
 		 305 aa  105  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  32.5 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  28.87 
 
 		 340 aa  98.6  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  29.41 
 
 		 255 aa  93.2  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  28.51 
 
 		 298 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  27.85 
 
 		 384 aa  89.4  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  27.47 
 
 		 298 aa  87.8  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  27.73 
 
 		 385 aa  87  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  27.23 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  29.18 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.21 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  28.76 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  24.57 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  24.68 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  25.97 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  24.48 
 
 		 290 aa  78.6  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  24.48 
 
 		 290 aa  78.2  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  25.11 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  26.97 
 
 		 389 aa  75.9  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  27.23 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  25.63 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  23.85 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  27.04 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  28.74 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  27.5 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  25.82 
 
 		 314 aa  72.4  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.58 
 
 		 328 aa  72.4  0.000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  23.77 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  23.77 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.27 
 
 		 332 aa  72  0.000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  25.42 
 
 		 317 aa  72  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  25.74 
 
 		 309 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  25.22 
 
 		 272 aa  71.6  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.58 
 
 		 355 aa  71.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.16 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  25.42 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  26.25 
 
 		 289 aa  70.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  25.83 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  26.16 
 
 		 348 aa  70.1  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>