More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_0474 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 360 aa  715    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  98.79 
 
 		 248 aa  502  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  81.3 
 
 		 264 aa  427  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.16 
 
 		 305 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  72.08 
 
 		 591 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  68.42 
 
 		 273 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  62.21 
 
 		 304 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  68.21 
 
 		 278 aa  353  2.9999999999999997e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  72.18 
 
 		 266 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  65.34 
 
 		 557 aa  348  7e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.61 
 
 		 646 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  58.2 
 
 		 690 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  64.94 
 
 		 563 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  64.94 
 
 		 559 aa  346  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  64.94 
 
 		 559 aa  346  3e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  64.94 
 
 		 574 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  64.94 
 
 		 585 aa  346  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  64.94 
 
 		 571 aa  345  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  53.26 
 
 		 694 aa  344  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  65.46 
 
 		 249 aa  339  5e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  60.44 
 
 		 649 aa  338  8e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  62.03 
 
 		 623 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  61.65 
 
 		 669 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  61.65 
 
 		 669 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.4 
 
 		 624 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.65 
 
 		 650 aa  335  5e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  66.94 
 
 		 380 aa  335  5.999999999999999e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.27 
 
 		 249 aa  332  6e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  63.05 
 
 		 250 aa  330  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  64.06 
 
 		 421 aa  328  9e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  61.65 
 
 		 674 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  61.28 
 
 		 627 aa  326  3e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  62.89 
 
 		 610 aa  326  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  56.54 
 
 		 631 aa  325  9e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.19 
 
 		 416 aa  322  5e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  58.8 
 
 		 243 aa  300  3e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  63.2 
 
 		 245 aa  291  1e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  61.73 
 
 		 234 aa  282  6.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  48.4 
 
 		 379 aa  267  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  50.59 
 
 		 245 aa  255  8e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  52.59 
 
 		 245 aa  255  1.0000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  51.39 
 
 		 252 aa  214  1.9999999999999998e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  44.53 
 
 		 255 aa  185  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  38.46 
 
 		 227 aa  171  2e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  38.55 
 
 		 262 aa  155  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.97 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  38.6 
 
 		 266 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  37.65 
 
 		 249 aa  149  5e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  35.97 
 
 		 236 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  35.18 
 
 		 236 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  37.9 
 
 		 236 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.15 
 
 		 267 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.9 
 
 		 236 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  34.66 
 
 		 389 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  34.54 
 
 		 384 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  37.1 
 
 		 236 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  32.39 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  37.5 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.6 
 
 		 247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  32.52 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 239 aa  134  3e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.73 
 
 		 385 aa  132  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  37.15 
 
 		 235 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 239 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.46 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 247 aa  130  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  34.39 
 
 		 318 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  36.23 
 
 		 274 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.4 
 
 		 251 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  36.19 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.41 
 
 		 355 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 266 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  35.02 
 
 		 248 aa  126  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.39 
 
 		 324 aa  126  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  35.2 
 
 		 268 aa  126  7e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  32.24 
 
 		 340 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.47 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  37.25 
 
 		 266 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  32.51 
 
 		 230 aa  124  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 236 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  32.93 
 
 		 477 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  34 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.82 
 
 		 286 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.86 
 
 		 258 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.94 
 
 		 242 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 239 aa  123  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 556 aa  123  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 567 aa  123  5e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  36.95 
 
 		 236 aa  123  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 242 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  32.54 
 
 		 242 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  32.54 
 
 		 242 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  32.14 
 
 		 242 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 242 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  32.54 
 
 		 242 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 242 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 242 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 242 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  31.08 
 
 		 236 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>