More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_3692 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 266 aa  541  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  98.5 
 
 		 266 aa  531  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.41 
 
 		 267 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.78 
 
 		 264 aa  283  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  57.53 
 
 		 248 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.2 
 
 		 251 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  52.65 
 
 		 262 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.74 
 
 		 247 aa  240  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  49.42 
 
 		 236 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  44.02 
 
 		 236 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  48.65 
 
 		 236 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  42.86 
 
 		 236 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  47.49 
 
 		 236 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.1 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.4 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.17 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  44.02 
 
 		 236 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.02 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  45.17 
 
 		 236 aa  192  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  42.75 
 
 		 380 aa  191  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  45.04 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.26 
 
 		 264 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  38.76 
 
 		 243 aa  170  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  40.4 
 
 		 234 aa  167  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  36.6 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  36.63 
 
 		 574 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  36.63 
 
 		 571 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  36.6 
 
 		 249 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.25 
 
 		 245 aa  159  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  39.1 
 
 		 421 aa  159  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  36.63 
 
 		 559 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.24 
 
 		 305 aa  159  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  36.63 
 
 		 585 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  36.63 
 
 		 559 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  36.63 
 
 		 563 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  35.9 
 
 		 557 aa  159  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 591 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  38.95 
 
 		 248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.08 
 
 		 416 aa  155  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.95 
 
 		 360 aa  155  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  38.27 
 
 		 694 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  35.66 
 
 		 245 aa  155  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.47 
 
 		 249 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  39.45 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  35.45 
 
 		 273 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.98 
 
 		 624 aa  148  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  36.29 
 
 		 379 aa  145  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  36.59 
 
 		 610 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 278 aa  145  9e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  35.07 
 
 		 623 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.34 
 
 		 646 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  34.34 
 
 		 690 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  37.92 
 
 		 631 aa  142  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  34.72 
 
 		 649 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.09 
 
 		 650 aa  141  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  36.92 
 
 		 627 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  34.72 
 
 		 669 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  34.72 
 
 		 669 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  36.92 
 
 		 674 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  34.12 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.85 
 
 		 266 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  32.71 
 
 		 252 aa  110  3e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  32.28 
 
 		 255 aa  102  9e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  25.59 
 
 		 227 aa  93.6  3e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  27.82 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  27.91 
 
 		 298 aa  85.5  8e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  27.03 
 
 		 384 aa  82.8  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  26.62 
 
 		 340 aa  82  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  30.19 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  26.64 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  26.67 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.73 
 
 		 247 aa  77  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  28.12 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  26.54 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  27.94 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  27.69 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  27.8 
 
 		 266 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  27.41 
 
 		 266 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  28.24 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.23 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  27 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  26.46 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.92 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  24.71 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  25.1 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  23.44 
 
 		 314 aa  65.5  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  27.97 
 
 		 556 aa  65.5  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  25.47 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  23.53 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  23.14 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  23.44 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000212834  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  23.14 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  23.14 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  23.14 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  28.06 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  23.14 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  24.23 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  23.14 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  25.19 
 
 		 318 aa  64.7  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>