More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3468 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 379 aa  752    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  64.53 
 
 		 234 aa  309  5e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  66.39 
 
 		 245 aa  308  9e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  61.32 
 
 		 243 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  62.89 
 
 		 380 aa  299  6e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  61.6 
 
 		 557 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  52.71 
 
 		 694 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  61.2 
 
 		 563 aa  288  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  61.2 
 
 		 559 aa  288  9e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  61.2 
 
 		 559 aa  288  9e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  61.2 
 
 		 574 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  61.2 
 
 		 571 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  60.63 
 
 		 631 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  61.2 
 
 		 585 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  53.92 
 
 		 610 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  60.55 
 
 		 627 aa  285  9e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  60.24 
 
 		 674 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  59.68 
 
 		 690 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.68 
 
 		 646 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  54.39 
 
 		 649 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  60.4 
 
 		 623 aa  279  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  60.8 
 
 		 249 aa  278  8e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.27 
 
 		 416 aa  278  9e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.15 
 
 		 650 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  59.6 
 
 		 669 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  59.6 
 
 		 669 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.38 
 
 		 624 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  60 
 
 		 249 aa  269  7e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  59.2 
 
 		 250 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  58.17 
 
 		 421 aa  265  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  54.04 
 
 		 273 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.75 
 
 		 264 aa  265  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.8 
 
 		 305 aa  263  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  54.47 
 
 		 591 aa  263  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.8 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  58.3 
 
 		 245 aa  257  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  50.17 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  58 
 
 		 266 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  56.4 
 
 		 248 aa  250  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  55.87 
 
 		 245 aa  250  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  55.77 
 
 		 278 aa  239  5e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  48.95 
 
 		 255 aa  207  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  48.58 
 
 		 252 aa  202  8e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  38.78 
 
 		 227 aa  167  4e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 241 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 258 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 274 aa  149  8e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  38.02 
 
 		 236 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 239 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  36.68 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  36.25 
 
 		 236 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 266 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  37.4 
 
 		 266 aa  147  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.29 
 
 		 266 aa  145  9e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  37.79 
 
 		 262 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  34.43 
 
 		 472 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.08 
 
 		 267 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 251 aa  143  6e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 556 aa  142  8e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 239 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.44 
 
 		 249 aa  139  7.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 236 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  35.51 
 
 		 389 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  38.21 
 
 		 236 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 624 aa  136  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  37.34 
 
 		 249 aa  136  7.000000000000001e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.22 
 
 		 293 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.95 
 
 		 355 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  35.44 
 
 		 384 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 567 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  32.92 
 
 		 244 aa  135  9.999999999999999e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  36.44 
 
 		 236 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  36.21 
 
 		 298 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  36.21 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  36.1 
 
 		 238 aa  134  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.02 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  35 
 
 		 240 aa  133  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  39.53 
 
 		 251 aa  133  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  37.9 
 
 		 236 aa  132  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  37.19 
 
 		 239 aa  132  9e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 282 aa  132  1.0000000000000001e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.4 
 
 		 247 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  35.93 
 
 		 240 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.29 
 
 		 240 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  35.39 
 
 		 235 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  34.6 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  35.78 
 
 		 240 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  35.62 
 
 		 240 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.62 
 
 		 240 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.37 
 
 		 243 aa  130  3e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.13 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.8 
 
 		 237 aa  130  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.22 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 230 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  36.25 
 
 		 248 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  38.4 
 
 		 248 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.71 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>