More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_1010 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 243 aa  485  1e-136  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  52.65 
 
 		 259 aa  258  7e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1293  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.46 
 
 		 254 aa  249  2e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.159925  normal  0.17953 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.24 
 
 		 288 aa  246  2e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  55.47 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  51.82 
 
 		 252 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  51.82 
 
 		 252 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  51.43 
 
 		 254 aa  239  2.9999999999999997e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.35 
 
 		 250 aa  231  7.000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  53.91 
 
 		 247 aa  226  2e-58  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09831  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  50.87 
 
 		 244 aa  220  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  52.08 
 
 		 251 aa  218  7.999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45 
 
 		 237 aa  215  5.9999999999999996e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 230 aa  211  9e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  43.7 
 
 		 237 aa  211  9e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 556 aa  207  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  48.95 
 
 		 238 aa  207  1e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  51.04 
 
 		 624 aa  206  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.7 
 
 		 236 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  48.13 
 
 		 309 aa  205  4e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 253 aa  204  7e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 567 aa  203  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 249 aa  202  4e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 264 aa  202  5e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  43.39 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  44.54 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  46.03 
 
 		 239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.95 
 
 		 240 aa  198  6e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.5 
 
 		 251 aa  198  7.999999999999999e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.84 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  45.99 
 
 		 271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 235 aa  195  5.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  44.67 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 250 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  46.69 
 
 		 243 aa  191  8e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 238 aa  191  8e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  50.42 
 
 		 728 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  48.13 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 242 aa  189  4e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  47.35 
 
 		 273 aa  187  1e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.32 
 
 		 242 aa  186  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.32 
 
 		 242 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  42.32 
 
 		 242 aa  186  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.32 
 
 		 242 aa  185  5e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  42.32 
 
 		 242 aa  185  5e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.32 
 
 		 242 aa  185  5e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 554 aa  185  6e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 256 aa  185  6e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 242 aa  184  9e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  41.91 
 
 		 242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  41.49 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  45.57 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0763  pseudouridine synthase, Rsu  45.42 
 
 		 253 aa  182  5.0000000000000004e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3005  RNA-binding S4 domain protein  45.69 
 
 		 369 aa  182  6e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 258 aa  181  7e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 266 aa  181  7e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  41.56 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 262 aa  181  1e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 266 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.92 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  39.58 
 
 		 236 aa  179  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  41.18 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 426 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 274 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 238 aa  178  5.999999999999999e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 236 aa  178  7e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  41.57 
 
 		 282 aa  178  9e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 250 aa  178  9e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  42.02 
 
 		 280 aa  177  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 247 aa  177  2e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  41.64 
 
 		 680 aa  176  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  42.02 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 306 aa  174  8e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  43.1 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  43.28 
 
 		 250 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  40.16 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  42.31 
 
 		 621 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.08 
 
 		 269 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40.51 
 
 		 256 aa  172  5.999999999999999e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  42.02 
 
 		 265 aa  171  6.999999999999999e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  42.32 
 
 		 375 aa  169  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 249 aa  169  3e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  44.26 
 
 		 263 aa  169  5e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  41.03 
 
 		 406 aa  169  5e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 244 aa  166  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 332 aa  165  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  39.75 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.5 
 
 		 243 aa  162  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 403 aa  162  3e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>