More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_1692 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  100 
 
 		 255 aa  503  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  49.59 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  47.92 
 
 		 243 aa  218  6e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  47.22 
 
 		 623 aa  208  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  48.95 
 
 		 379 aa  207  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  46.83 
 
 		 669 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  46.83 
 
 		 669 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.83 
 
 		 650 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  47.84 
 
 		 234 aa  205  5e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.93 
 
 		 646 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  45.93 
 
 		 690 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  45.53 
 
 		 557 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  47.74 
 
 		 245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  46.64 
 
 		 380 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.96 
 
 		 249 aa  199  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  45.93 
 
 		 250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 245 aa  199  5e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  45.53 
 
 		 649 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  45.12 
 
 		 249 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  45.12 
 
 		 559 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  45.12 
 
 		 571 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  45.12 
 
 		 559 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  45.12 
 
 		 563 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  45.12 
 
 		 585 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  45.12 
 
 		 574 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.15 
 
 		 264 aa  189  5e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.45 
 
 		 624 aa  188  9e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.53 
 
 		 360 aa  186  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  41.39 
 
 		 273 aa  185  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  43.43 
 
 		 694 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  44.05 
 
 		 610 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  44.13 
 
 		 248 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  44.98 
 
 		 421 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  43.61 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 591 aa  181  9.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  43.44 
 
 		 631 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  43.03 
 
 		 627 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.96 
 
 		 416 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  43.03 
 
 		 674 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  45.12 
 
 		 266 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.68 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 278 aa  172  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.76 
 
 		 249 aa  162  5.0000000000000005e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  40 
 
 		 252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 247 aa  155  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  33.88 
 
 		 227 aa  149  4e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  36.82 
 
 		 241 aa  149  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  39.44 
 
 		 249 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.71 
 
 		 237 aa  145  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  35.47 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 477 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  35.04 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  37.25 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  35.66 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  34.19 
 
 		 384 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  38.19 
 
 		 250 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 243 aa  138  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.33 
 
 		 385 aa  138  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  36.71 
 
 		 389 aa  138  7.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.57 
 
 		 258 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  32.64 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  36.25 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  35.48 
 
 		 309 aa  137  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  32.5 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  36 
 
 		 273 aa  136  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  32.49 
 
 		 235 aa  136  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.53 
 
 		 314 aa  135  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  32.92 
 
 		 266 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  32.92 
 
 		 266 aa  135  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 239 aa  135  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  33.2 
 
 		 244 aa  135  9e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  33.93 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.92 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  36.63 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.28 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  31.28 
 
 		 236 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  34.07 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.04 
 
 		 236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  38.21 
 
 		 251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.44 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  35 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  35.32 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.47 
 
 		 355 aa  128  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  31.73 
 
 		 248 aa  128  9.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 556 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.8 
 
 		 234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000212834  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.47 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  31.97 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.97 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  32.07 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.97 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.97 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  31.25 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  32.08 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  31.97 
 
 		 242 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.97 
 
 		 242 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  32.08 
 
 		 229 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>