More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A1678 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 649 aa  1244    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.61 
 
 		 624 aa  528  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  93.2 
 
 		 250 aa  486  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.5 
 
 		 646 aa  475  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  49.04 
 
 		 690 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  49.27 
 
 		 623 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  81.89 
 
 		 563 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  82.28 
 
 		 557 aa  436  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  81.89 
 
 		 559 aa  435  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  81.89 
 
 		 574 aa  436  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  81.89 
 
 		 571 aa  435  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  81.89 
 
 		 585 aa  435  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  81.89 
 
 		 559 aa  435  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.67 
 
 		 650 aa  432  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  82.73 
 
 		 249 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  48 
 
 		 674 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  48.98 
 
 		 631 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  79.92 
 
 		 249 aa  396  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  49.74 
 
 		 627 aa  399  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  46.31 
 
 		 694 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  49.46 
 
 		 610 aa  375  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  66.4 
 
 		 421 aa  343  5.999999999999999e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  61.07 
 
 		 591 aa  342  9e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.95 
 
 		 360 aa  333  5e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  62.5 
 
 		 273 aa  332  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  57.91 
 
 		 380 aa  325  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  67.07 
 
 		 266 aa  324  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.92 
 
 		 264 aa  325  2e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  62.22 
 
 		 304 aa  323  6e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  62.25 
 
 		 248 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.39 
 
 		 416 aa  316  9e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.43 
 
 		 305 aa  313  9e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  63.2 
 
 		 278 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  62 
 
 		 245 aa  293  6e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  59.44 
 
 		 243 aa  291  3e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  60.49 
 
 		 234 aa  289  9e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  59.2 
 
 		 245 aa  283  5.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  60.08 
 
 		 245 aa  283  5.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  54.39 
 
 		 379 aa  280  6e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  45.53 
 
 		 255 aa  197  6e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  46.64 
 
 		 252 aa  182  2e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  41.77 
 
 		 236 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.08 
 
 		 267 aa  155  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  35.37 
 
 		 384 aa  148  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.96 
 
 		 385 aa  148  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  36.33 
 
 		 262 aa  146  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  39.36 
 
 		 236 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  36.95 
 
 		 236 aa  144  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  35.09 
 
 		 266 aa  143  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  36.55 
 
 		 236 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  40.32 
 
 		 249 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.72 
 
 		 266 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  33.2 
 
 		 227 aa  139  1e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  34 
 
 		 389 aa  139  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 624 aa  138  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  32.94 
 
 		 340 aa  137  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  35.22 
 
 		 298 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.89 
 
 		 236 aa  134  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  35.22 
 
 		 298 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34 
 
 		 314 aa  132  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  34.92 
 
 		 556 aa  131  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  33.71 
 
 		 318 aa  131  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  36.86 
 
 		 248 aa  130  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.45 
 
 		 247 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  34.52 
 
 		 477 aa  130  8.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 271 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  36 
 
 		 236 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 266 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 266 aa  128  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  37.75 
 
 		 236 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  36.95 
 
 		 236 aa  127  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.4 
 
 		 236 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 274 aa  127  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.6 
 
 		 247 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  35.48 
 
 		 239 aa  127  9e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  30.62 
 
 		 736 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  33.73 
 
 		 317 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.06 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 567 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.48 
 
 		 286 aa  123  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 251 aa  123  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  31.99 
 
 		 621 aa  121  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.06 
 
 		 258 aa  122  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.8 
 
 		 252 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 236 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 348 aa  120  6e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.47 
 
 		 247 aa  120  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  32.68 
 
 		 472 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.53 
 
 		 239 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 236 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  35.91 
 
 		 251 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  34.4 
 
 		 248 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 290 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 290 aa  118  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  34.8 
 
 		 290 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.26 
 
 		 293 aa  118  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  34.35 
 
 		 274 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.8 
 
 		 290 aa  117  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.8 
 
 		 290 aa  117  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  32.8 
 
 		 241 aa  117  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>