More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3457 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  100 
 
 		 262 aa  534  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  60.4 
 
 		 248 aa  281  6.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.2 
 
 		 251 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  53.03 
 
 		 266 aa  257  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.65 
 
 		 266 aa  253  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  48.78 
 
 		 236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  47.97 
 
 		 236 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  52.03 
 
 		 236 aa  236  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  50 
 
 		 236 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.19 
 
 		 236 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  48.78 
 
 		 236 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  49.59 
 
 		 236 aa  221  8e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 267 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.97 
 
 		 236 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.64 
 
 		 252 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  46.75 
 
 		 236 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.34 
 
 		 247 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  45.6 
 
 		 237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.85 
 
 		 264 aa  192  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.43 
 
 		 247 aa  178  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  39.53 
 
 		 380 aa  171  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.85 
 
 		 264 aa  165  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  36.72 
 
 		 249 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  36.72 
 
 		 571 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  36.72 
 
 		 559 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  36.72 
 
 		 563 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  37.11 
 
 		 557 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  36.72 
 
 		 559 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  36.72 
 
 		 574 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  36.72 
 
 		 585 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.43 
 
 		 360 aa  155  8e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.02 
 
 		 416 aa  155  8e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  36.96 
 
 		 591 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  38.43 
 
 		 248 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.16 
 
 		 249 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  37.11 
 
 		 623 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  35.55 
 
 		 250 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.72 
 
 		 650 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.94 
 
 		 646 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  37.6 
 
 		 421 aa  151  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  36.72 
 
 		 669 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  35.94 
 
 		 690 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  36.72 
 
 		 669 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  34.64 
 
 		 273 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  36.29 
 
 		 243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  36.33 
 
 		 649 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  37.79 
 
 		 379 aa  145  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.65 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.16 
 
 		 624 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  37.9 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  33.78 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  36.58 
 
 		 266 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 278 aa  135  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  39.45 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  32.39 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  35.77 
 
 		 694 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  35.47 
 
 		 631 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  32.41 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  35 
 
 		 610 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  32.69 
 
 		 627 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  32.69 
 
 		 674 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  30.77 
 
 		 252 aa  101  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  26.42 
 
 		 227 aa  96.3  4e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  25.91 
 
 		 249 aa  95.5  8e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  28.23 
 
 		 235 aa  88.6  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  26.23 
 
 		 302 aa  86.7  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  25.31 
 
 		 385 aa  85.5  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  25.31 
 
 		 384 aa  85.5  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  29.92 
 
 		 274 aa  84  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  28.8 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  25.88 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  28.35 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  25 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  25.71 
 
 		 472 aa  80.9  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  25 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  29.32 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  24.8 
 
 		 340 aa  79.7  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.72 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  27.24 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.19 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  25.61 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  28.05 
 
 		 466 aa  77  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  24.61 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  27.13 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  24.05 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  25.81 
 
 		 264 aa  75.9  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  24.41 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  24.41 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  27.71 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  26.29 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  26.91 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  25.31 
 
 		 387 aa  72.4  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  25.1 
 
 		 274 aa  72  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  28.51 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  24.3 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1885  putative peptide ABC transporter, permease protein  23.86 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0639352  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  25.98 
 
 		 355 aa  70.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  24.3 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  25.73 
 
 		 236 aa  70.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>