More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_00765 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  100 
 
 		 259 aa  522  1e-147  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  55.51 
 
 		 387 aa  272  5.000000000000001e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  49.59 
 
 		 472 aa  240  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.72 
 
 		 302 aa  231  7.000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  46.53 
 
 		 555 aa  229  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  45.8 
 
 		 638 aa  216  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  48.46 
 
 		 252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  45.17 
 
 		 516 aa  209  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  46.49 
 
 		 562 aa  208  7e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.29 
 
 		 243 aa  151  8e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 553 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.62 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  38.79 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  36.75 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  37.82 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.62 
 
 		 328 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 324 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 329 aa  141  8e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  36.75 
 
 		 250 aa  141  9e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  33.33 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  34.96 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 354 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  34.21 
 
 		 253 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  35.17 
 
 		 247 aa  139  6e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 239 aa  138  7.999999999999999e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  33.99 
 
 		 255 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 252 aa  138  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  32.8 
 
 		 274 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.27 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.04 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.96 
 
 		 237 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.91 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 238 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  34.04 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  33.33 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  34.91 
 
 		 244 aa  132  6e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  33.04 
 
 		 241 aa  132  6e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  33.89 
 
 		 375 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  33.48 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.05 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 567 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.05 
 
 		 238 aa  129  6e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.17 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  34.5 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  34.19 
 
 		 266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.91 
 
 		 239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  34.19 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  33.59 
 
 		 265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.5 
 
 		 245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.5 
 
 		 245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  32.89 
 
 		 271 aa  125  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.1 
 
 		 251 aa  125  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.48 
 
 		 240 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 694 aa  124  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  30.68 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.48 
 
 		 237 aa  123  3e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  32.76 
 
 		 251 aa  122  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  32.47 
 
 		 235 aa  122  7e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  33.33 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  32.75 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 228 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  34.5 
 
 		 236 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  32.76 
 
 		 230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  32.26 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.47 
 
 		 247 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  33.62 
 
 		 242 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.62 
 
 		 242 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.51 
 
 		 269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  33.62 
 
 		 242 aa  119  6e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0778  pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 234 aa  119  6e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.132612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.62 
 
 		 242 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.62 
 
 		 242 aa  119  6e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  30.3 
 
 		 240 aa  119  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0242  pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 467 aa  119  7e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 624 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  33.19 
 
 		 242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.19 
 
 		 242 aa  117  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.19 
 
 		 242 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  34.43 
 
 		 406 aa  116  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0032  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 265 aa  116  3e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.604772  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 556 aa  116  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  31.09 
 
 		 243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  32.33 
 
 		 242 aa  115  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  31.45 
 
 		 262 aa  115  6e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.47 
 
 		 242 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 247 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  33.19 
 
 		 736 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  34.89 
 
 		 250 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 280 aa  115  8.999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  32.16 
 
 		 227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>