More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_16880 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  100 
 
 		 236 aa  464  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  62.71 
 
 		 236 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  54.24 
 
 		 236 aa  261  8e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  52.97 
 
 		 236 aa  256  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  58.9 
 
 		 236 aa  252  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  55.51 
 
 		 236 aa  246  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.66 
 
 		 236 aa  236  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.97 
 
 		 252 aa  235  4e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.54 
 
 		 236 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  52.12 
 
 		 236 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.69 
 
 		 247 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  49.59 
 
 		 262 aa  221  6e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  50.2 
 
 		 248 aa  216  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.49 
 
 		 266 aa  209  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  47.1 
 
 		 266 aa  208  6e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.8 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  49 
 
 		 267 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.13 
 
 		 247 aa  191  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  43.93 
 
 		 237 aa  159  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.31 
 
 		 264 aa  155  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  44.54 
 
 		 232 aa  155  8e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 234 aa  152  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  40.16 
 
 		 249 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  41.2 
 
 		 563 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  41.2 
 
 		 559 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  41.2 
 
 		 557 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  40.42 
 
 		 380 aa  149  5e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  41.2 
 
 		 559 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  41.2 
 
 		 574 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  41.2 
 
 		 571 aa  148  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  41.2 
 
 		 585 aa  148  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  39.76 
 
 		 623 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  42.51 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.6 
 
 		 650 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  39.6 
 
 		 669 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  39.6 
 
 		 669 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 		 646 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.55 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  40 
 
 		 690 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  35.92 
 
 		 245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  36.14 
 
 		 250 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.46 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  34.8 
 
 		 273 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.95 
 
 		 624 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  38.8 
 
 		 421 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  38.68 
 
 		 243 aa  132  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  37.9 
 
 		 379 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  40.78 
 
 		 694 aa  129  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  34.69 
 
 		 245 aa  128  6e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  36.95 
 
 		 649 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  39.15 
 
 		 631 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  36.68 
 
 		 627 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  36.14 
 
 		 591 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  36.68 
 
 		 674 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.14 
 
 		 416 aa  124  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  36.55 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  38.43 
 
 		 610 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.55 
 
 		 360 aa  123  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  36.47 
 
 		 278 aa  119  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.48 
 
 		 266 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  32.23 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.89 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  34.55 
 
 		 252 aa  108  7.000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  28.38 
 
 		 385 aa  102  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  27.97 
 
 		 340 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  28.38 
 
 		 384 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  31.51 
 
 		 255 aa  92  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  26.92 
 
 		 298 aa  91.3  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.17 
 
 		 290 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.17 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  26.18 
 
 		 298 aa  90.1  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  25 
 
 		 227 aa  89  6e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.16 
 
 		 309 aa  87.4  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  26.07 
 
 		 244 aa  86.3  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  25 
 
 		 235 aa  85.1  9e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  25 
 
 		 235 aa  85.1  9e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  25 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  25 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  25 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  25 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  25 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  25 
 
 		 235 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  25 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  26.18 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  28.57 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  32.34 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.16 
 
 		 332 aa  81.6  0.000000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  28.51 
 
 		 235 aa  81.6  0.000000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.71 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.16 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  25 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  27.27 
 
 		 355 aa  81.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  28.57 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  26.09 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  28.87 
 
 		 389 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  24.58 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  26.69 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  30.21 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  25 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  30.21 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>