More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1341 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 624 aa  1217    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  53.34 
 
 		 649 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.51 
 
 		 646 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  55.78 
 
 		 563 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  83.13 
 
 		 250 aa  435  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  55.78 
 
 		 559 aa  435  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  72.17 
 
 		 557 aa  433  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  55.78 
 
 		 559 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  79.38 
 
 		 585 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  79.38 
 
 		 574 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  79.38 
 
 		 571 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  77.43 
 
 		 690 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  71.18 
 
 		 669 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  71.18 
 
 		 669 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  71.13 
 
 		 650 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  71.13 
 
 		 623 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  80.72 
 
 		 249 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  78.31 
 
 		 249 aa  389  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  45.48 
 
 		 631 aa  366  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  50.1 
 
 		 694 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  48.92 
 
 		 674 aa  365  1e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  47.58 
 
 		 627 aa  365  1e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  51.77 
 
 		 610 aa  365  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  67.46 
 
 		 421 aa  347  4e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  63.64 
 
 		 591 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.07 
 
 		 360 aa  344  4e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.41 
 
 		 264 aa  342  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  62.77 
 
 		 273 aa  335  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  67.34 
 
 		 380 aa  331  2e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  65.86 
 
 		 248 aa  332  2e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  58.96 
 
 		 304 aa  330  4e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.62 
 
 		 416 aa  325  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  66.67 
 
 		 266 aa  321  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.66 
 
 		 305 aa  319  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  61.15 
 
 		 278 aa  314  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  64.8 
 
 		 245 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  58.8 
 
 		 243 aa  292  1e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  63.37 
 
 		 234 aa  291  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  58 
 
 		 245 aa  282  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  52.38 
 
 		 379 aa  280  4e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  58.4 
 
 		 245 aa  280  6e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  48.26 
 
 		 252 aa  199  1.0000000000000001e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  45.28 
 
 		 255 aa  193  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.84 
 
 		 267 aa  166  8e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  39.76 
 
 		 236 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  37.75 
 
 		 236 aa  153  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  38.96 
 
 		 236 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  36.84 
 
 		 385 aa  151  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  38.06 
 
 		 384 aa  151  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  37.36 
 
 		 266 aa  150  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  34.01 
 
 		 227 aa  150  5e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.98 
 
 		 266 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.43 
 
 		 247 aa  147  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  39.29 
 
 		 248 aa  147  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  37.35 
 
 		 236 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  37.05 
 
 		 266 aa  146  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  37.05 
 
 		 266 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  39.53 
 
 		 249 aa  144  7e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  35.16 
 
 		 262 aa  144  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  28.4 
 
 		 555 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  36.9 
 
 		 624 aa  141  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 271 aa  140  7e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.5 
 
 		 236 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  38.74 
 
 		 274 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  33.6 
 
 		 298 aa  137  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  34.63 
 
 		 340 aa  137  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  33.6 
 
 		 298 aa  137  8e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  36.11 
 
 		 236 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  36.95 
 
 		 236 aa  135  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 556 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  37.15 
 
 		 567 aa  133  9e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  31.43 
 
 		 736 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  33.46 
 
 		 317 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.91 
 
 		 251 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  34.21 
 
 		 680 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  34.7 
 
 		 472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  35.32 
 
 		 241 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  32.54 
 
 		 389 aa  131  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.06 
 
 		 314 aa  130  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  38.25 
 
 		 239 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  37.75 
 
 		 236 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.05 
 
 		 258 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  33.1 
 
 		 621 aa  127  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  34.54 
 
 		 477 aa  127  5e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  38.65 
 
 		 251 aa  127  7e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.78 
 
 		 237 aa  127  8.000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  35.96 
 
 		 274 aa  126  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 230 aa  126  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  34.14 
 
 		 235 aa  126  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  34 
 
 		 248 aa  125  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  35.06 
 
 		 355 aa  125  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 236 aa  124  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  29.19 
 
 		 516 aa  124  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.25 
 
 		 247 aa  124  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.47 
 
 		 239 aa  124  6e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  34.4 
 
 		 236 aa  124  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  33.07 
 
 		 239 aa  124  7e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  36.11 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  29.25 
 
 		 638 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 238 aa  122  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>