More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0806 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  100 
 
 		 274 aa  558  1e-158  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  56.45 
 
 		 251 aa  277  1e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  59.2 
 
 		 250 aa  277  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  52.83 
 
 		 292 aa  259  4e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1418  pseudouridine synthase  55.1 
 
 		 292 aa  250  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.126081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  54.1 
 
 		 243 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  50.81 
 
 		 251 aa  225  7e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.8 
 
 		 247 aa  208  6e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.35 
 
 		 237 aa  206  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  45.9 
 
 		 264 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  47.72 
 
 		 238 aa  206  5e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  45 
 
 		 241 aa  203  2e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.7 
 
 		 239 aa  204  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  43.39 
 
 		 266 aa  202  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.38 
 
 		 258 aa  202  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  43.39 
 
 		 266 aa  202  6e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  47.92 
 
 		 624 aa  200  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  46.22 
 
 		 271 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  46.25 
 
 		 556 aa  200  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 249 aa  199  6e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  47.95 
 
 		 567 aa  199  6e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  46.75 
 
 		 273 aa  198  7e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45 
 
 		 239 aa  198  9e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.72 
 
 		 240 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.92 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  43.32 
 
 		 255 aa  193  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  40.93 
 
 		 387 aa  193  3e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  42.45 
 
 		 238 aa  192  5e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  44.53 
 
 		 253 aa  191  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  43.03 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  44.12 
 
 		 274 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 235 aa  189  4e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 230 aa  189  5e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  40.08 
 
 		 250 aa  189  5.999999999999999e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 329 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  47.7 
 
 		 728 aa  186  3e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 239 aa  185  7e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  41.22 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 236 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  44.62 
 
 		 265 aa  183  3e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  41.49 
 
 		 243 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  42.32 
 
 		 254 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  40.98 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  41.13 
 
 		 562 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  47.3 
 
 		 250 aa  182  6e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  41.32 
 
 		 251 aa  181  8.000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 328 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  40.76 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.17 
 
 		 243 aa  180  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  41.98 
 
 		 243 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  39.59 
 
 		 252 aa  179  4e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 243 aa  179  5.999999999999999e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  44.96 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 553 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 282 aa  177  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  38.76 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  40.23 
 
 		 680 aa  176  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 555 aa  176  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40.08 
 
 		 256 aa  176  4e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40.98 
 
 		 242 aa  175  7e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 242 aa  175  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.98 
 
 		 242 aa  175  8e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.98 
 
 		 242 aa  175  8e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 242 aa  175  8e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 242 aa  175  8e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 242 aa  174  9e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 242 aa  174  9e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 403 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  37.08 
 
 		 472 aa  174  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 242 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 245 aa  174  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  42 
 
 		 259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  40.33 
 
 		 242 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  40 
 
 		 242 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 245 aa  174  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 249 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  41.43 
 
 		 406 aa  173  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  41.85 
 
 		 263 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  37.25 
 
 		 516 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 241 aa  172  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 332 aa  172  5e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  41.73 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  37.8 
 
 		 638 aa  170  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  40.96 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.66 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  44.81 
 
 		 233 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  39.67 
 
 		 229 aa  169  5e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 554 aa  169  7e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 238 aa  168  8e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  40.5 
 
 		 229 aa  168  8e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  39.58 
 
 		 245 aa  168  8e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  40.34 
 
 		 229 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>