More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1147 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 236 aa  476  1e-133  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  99.15 
 
 		 236 aa  471  1e-132  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  58.12 
 
 		 236 aa  291  7e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  51.98 
 
 		 230 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  49.37 
 
 		 309 aa  236  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  50 
 
 		 241 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.78 
 
 		 239 aa  230  2e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  49.78 
 
 		 235 aa  229  3e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  47.16 
 
 		 264 aa  228  7e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.65 
 
 		 247 aa  226  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 271 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  45.3 
 
 		 251 aa  224  7e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.51 
 
 		 237 aa  224  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  45.92 
 
 		 238 aa  222  3e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 243 aa  215  4e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45.22 
 
 		 239 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  46.09 
 
 		 266 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 249 aa  209  2e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  45.65 
 
 		 266 aa  209  3e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  48.1 
 
 		 243 aa  209  3e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.76 
 
 		 249 aa  207  9e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 238 aa  206  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 556 aa  205  6e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 254 aa  205  6e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  43.23 
 
 		 248 aa  204  1e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 247 aa  202  3e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 624 aa  202  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 242 aa  202  5e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  44.73 
 
 		 242 aa  202  5e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 242 aa  202  5e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 273 aa  202  5e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 242 aa  201  9e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 242 aa  201  9e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  39.83 
 
 		 250 aa  201  9e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  44.73 
 
 		 242 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 242 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  44.3 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  43.23 
 
 		 252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 238 aa  199  3e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  41.41 
 
 		 239 aa  199  3e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  37.69 
 
 		 282 aa  198  7e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 242 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  41.87 
 
 		 279 aa  196  2.0000000000000003e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  44.83 
 
 		 245 aa  195  4.0000000000000005e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  44.12 
 
 		 255 aa  195  6e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 269 aa  193  2e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 243 aa  193  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.17 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  41.48 
 
 		 251 aa  191  6e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  42.29 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  43.28 
 
 		 245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 254 aa  189  4e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  45.37 
 
 		 728 aa  188  5.999999999999999e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1023  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  38.16 
 
 		 296 aa  186  2e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  39.83 
 
 		 268 aa  187  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  40 
 
 		 252 aa  185  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  40 
 
 		 252 aa  185  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 243 aa  185  6e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  44.05 
 
 		 250 aa  184  7e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.41 
 
 		 255 aa  184  8e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.49 
 
 		 288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 329 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  41.41 
 
 		 567 aa  182  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  41.27 
 
 		 680 aa  182  5.0000000000000004e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 274 aa  181  6e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 328 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 237 aa  180  1e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 265 aa  179  2.9999999999999997e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  38.21 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 354 aa  178  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 241 aa  176  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 236 aa  175  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 553 aa  175  6e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 403 aa  174  8e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  39.57 
 
 		 375 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  43.39 
 
 		 562 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  38.5 
 
 		 250 aa  171  6.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  37.93 
 
 		 406 aa  171  7.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.77 
 
 		 247 aa  171  7.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 555 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 251 aa  170  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  40.08 
 
 		 472 aa  169  3e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1293  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.78 
 
 		 254 aa  169  4e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.159925  normal  0.17953 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 245 aa  169  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  37.44 
 
 		 322 aa  168  6e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>