More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_1038 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 332 aa  665    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.8 
 
 		 294 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.8 
 
 		 294 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.62 
 
 		 609 aa  192  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  45 
 
 		 601 aa  192  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.65 
 
 		 620 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  44.03 
 
 		 291 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  45.05 
 
 		 576 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  44.03 
 
 		 291 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.43 
 
 		 344 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.43 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  42.86 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  43.27 
 
 		 288 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  46.09 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  44.03 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  43.56 
 
 		 577 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.03 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  44.08 
 
 		 290 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.47 
 
 		 528 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  44.03 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  43.67 
 
 		 290 aa  190  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.31 
 
 		 289 aa  189  7e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  44.08 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.25 
 
 		 318 aa  188  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 274 aa  188  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  42.86 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  43.27 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  45.57 
 
 		 379 aa  187  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  43.27 
 
 		 287 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  43.84 
 
 		 736 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.03 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.62 
 
 		 291 aa  186  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.62 
 
 		 291 aa  186  7e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  44.14 
 
 		 795 aa  185  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.16 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.69 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  43.05 
 
 		 743 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  45.49 
 
 		 268 aa  183  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  42.6 
 
 		 674 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.6 
 
 		 669 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 273 aa  182  5.0000000000000004e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  41.52 
 
 		 676 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 325 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.31 
 
 		 268 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.38 
 
 		 301 aa  182  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 291 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 291 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 291 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 291 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 291 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1159  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B (rRNA pseudouridylate synthase B)  43.65 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.374483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  40.77 
 
 		 690 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  40.87 
 
 		 687 aa  180  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  42.75 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  44.86 
 
 		 238 aa  181  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 266 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  41.53 
 
 		 680 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  45.29 
 
 		 466 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  41.7 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  41.7 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.7 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.7 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.51 
 
 		 355 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.7 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.7 
 
 		 290 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 382 aa  180  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.51 
 
 		 355 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.51 
 
 		 354 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.7 
 
 		 290 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 266 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  42.75 
 
 		 386 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.7 
 
 		 290 aa  179  8e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  38.68 
 
 		 245 aa  178  1e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  42.59 
 
 		 784 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  44.58 
 
 		 251 aa  177  2e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  42.29 
 
 		 255 aa  177  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 408 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41 
 
 		 237 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  43.51 
 
 		 409 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 236 aa  176  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 398 aa  176  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 271 aa  176  4e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.26 
 
 		 405 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.57 
 
 		 296 aa  176  7e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 258 aa  175  8e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.55 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 243 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 238 aa  174  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000682568  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  38.24 
 
 		 562 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 241 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.87 
 
 		 291 aa  173  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.17 
 
 		 501 aa  173  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 274 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 243 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 516 aa  172  9e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>