More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6591 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  80.52 
 
 		 609 aa  652    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 576 aa  1080    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.87 
 
 		 601 aa  526  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  64.91 
 
 		 577 aa  491  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  65.45 
 
 		 674 aa  485  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.67 
 
 		 669 aa  482  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.45 
 
 		 620 aa  357  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  69.72 
 
 		 676 aa  353  4e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  64.06 
 
 		 736 aa  352  8e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  61.99 
 
 		 704 aa  352  1e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  57.98 
 
 		 795 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  62.32 
 
 		 689 aa  349  6e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  62.98 
 
 		 698 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  48.8 
 
 		 499 aa  347  3e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.13 
 
 		 576 aa  347  4e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  44.03 
 
 		 576 aa  345  1e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.38 
 
 		 528 aa  345  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  65.62 
 
 		 466 aa  344  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  63.57 
 
 		 690 aa  343  5e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  63.79 
 
 		 680 aa  341  2e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  64.84 
 
 		 598 aa  340  2.9999999999999998e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  62.1 
 
 		 743 aa  340  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  62.7 
 
 		 687 aa  339  8e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  64.45 
 
 		 598 aa  338  9.999999999999999e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.93 
 
 		 327 aa  336  5e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  64.78 
 
 		 784 aa  336  7e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  52.55 
 
 		 508 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.8 
 
 		 489 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.75 
 
 		 466 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  53.87 
 
 		 422 aa  303  6.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.87 
 
 		 457 aa  297  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  60.85 
 
 		 293 aa  295  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.5 
 
 		 501 aa  289  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  59.66 
 
 		 322 aa  281  2e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.05 
 
 		 247 aa  273  9e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  53.81 
 
 		 372 aa  272  1e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  56.07 
 
 		 296 aa  268  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  58.05 
 
 		 264 aa  266  8e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  55.56 
 
 		 286 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  54.08 
 
 		 285 aa  248  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  50.81 
 
 		 270 aa  233  6e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.84 
 
 		 332 aa  192  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  45.54 
 
 		 271 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.5 
 
 		 258 aa  177  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 686 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  44.59 
 
 		 379 aa  173  9e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.58 
 
 		 567 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.16 
 
 		 247 aa  171  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.46 
 
 		 290 aa  170  5e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  43.32 
 
 		 274 aa  170  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  40.07 
 
 		 386 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  39.74 
 
 		 386 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  44.84 
 
 		 736 aa  167  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  43.32 
 
 		 239 aa  166  9e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  38.27 
 
 		 680 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  41.4 
 
 		 587 aa  165  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  45.37 
 
 		 251 aa  163  8.000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 417 aa  162  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 398 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 554 aa  162  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 266 aa  162  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 266 aa  160  5e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.13 
 
 		 328 aa  160  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 253 aa  160  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 408 aa  160  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.82 
 
 		 631 aa  159  9e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  42.01 
 
 		 255 aa  159  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 278 aa  159  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  37.58 
 
 		 409 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 615 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 382 aa  158  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.24 
 
 		 325 aa  158  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 385 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  39.07 
 
 		 598 aa  158  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 249 aa  158  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  43.5 
 
 		 290 aa  157  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.82 
 
 		 344 aa  157  4e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  40 
 
 		 624 aa  157  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 292 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 236 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  38.91 
 
 		 292 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 527 aa  156  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 324 aa  156  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 288 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 273 aa  156  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 405 aa  156  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  38.1 
 
 		 554 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  38.93 
 
 		 554 aa  156  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 355 aa  155  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.82 
 
 		 344 aa  155  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  39.68 
 
 		 329 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.7 
 
 		 513 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.6 
 
 		 586 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 633 aa  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  36.6 
 
 		 586 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 594 aa  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  38.17 
 
 		 572 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  36.6 
 
 		 586 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  37.7 
 
 		 554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  37.7 
 
 		 554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>