More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6055 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 609 aa  1129    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  81.04 
 
 		 576 aa  625  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.04 
 
 		 601 aa  502  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  62.73 
 
 		 577 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.22 
 
 		 669 aa  457  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  47.06 
 
 		 576 aa  359  9e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.42 
 
 		 528 aa  351  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  45 
 
 		 698 aa  350  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  63.74 
 
 		 689 aa  350  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  58.26 
 
 		 795 aa  350  6e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.82 
 
 		 620 aa  350  6e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  62.69 
 
 		 736 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.19 
 
 		 704 aa  344  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  61.09 
 
 		 499 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  66.01 
 
 		 466 aa  342  8e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  57.69 
 
 		 687 aa  341  2e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.63 
 
 		 576 aa  336  9e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  62.55 
 
 		 598 aa  335  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  60.63 
 
 		 680 aa  335  2e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  61.69 
 
 		 743 aa  335  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  61.24 
 
 		 690 aa  333  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  62.16 
 
 		 598 aa  333  6e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  64.37 
 
 		 784 aa  330  7e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.44 
 
 		 327 aa  321  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.58 
 
 		 489 aa  303  9e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.49 
 
 		 466 aa  300  8e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  56.82 
 
 		 422 aa  298  2e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.68 
 
 		 457 aa  294  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  58.05 
 
 		 293 aa  289  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.38 
 
 		 501 aa  287  4e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  57.94 
 
 		 322 aa  278  2e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  55.51 
 
 		 372 aa  277  4e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.48 
 
 		 247 aa  276  8e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  59.48 
 
 		 264 aa  269  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  56.07 
 
 		 296 aa  266  5.999999999999999e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  54.67 
 
 		 286 aa  251  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  53.22 
 
 		 285 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  49.59 
 
 		 270 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.62 
 
 		 332 aa  192  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  44.13 
 
 		 271 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 567 aa  173  6.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.75 
 
 		 290 aa  172  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 379 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 258 aa  170  7e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 325 aa  168  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 736 aa  169  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.16 
 
 		 247 aa  167  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.18 
 
 		 686 aa  167  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  42.2 
 
 		 587 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 624 aa  166  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 385 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  37.57 
 
 		 386 aa  163  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.03 
 
 		 328 aa  163  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  41.33 
 
 		 417 aa  163  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  37.57 
 
 		 386 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.08 
 
 		 253 aa  162  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.4 
 
 		 239 aa  162  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  36.21 
 
 		 680 aa  162  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  45.37 
 
 		 251 aa  161  4e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 631 aa  161  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  40.55 
 
 		 382 aa  160  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 615 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 398 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  43.95 
 
 		 290 aa  159  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  38.84 
 
 		 598 aa  158  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 355 aa  158  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41 
 
 		 344 aa  158  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 405 aa  158  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  39.63 
 
 		 274 aa  158  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 266 aa  158  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.51 
 
 		 556 aa  157  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 296 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 266 aa  157  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.33 
 
 		 236 aa  157  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  41.01 
 
 		 255 aa  157  6e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  42.6 
 
 		 288 aa  157  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  37.74 
 
 		 594 aa  156  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 383 aa  156  9e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.77 
 
 		 408 aa  156  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 626 aa  156  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  39.29 
 
 		 324 aa  156  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  41.63 
 
 		 554 aa  156  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41 
 
 		 344 aa  156  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 309 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  37.57 
 
 		 409 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 633 aa  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 291 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 291 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 329 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  41.18 
 
 		 554 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  41.18 
 
 		 513 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  41.18 
 
 		 502 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  41.18 
 
 		 554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  41.18 
 
 		 554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  43.61 
 
 		 290 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  41.18 
 
 		 554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 291 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  37.74 
 
 		 594 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  42.53 
 
 		 289 aa  154  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.99 
 
 		 294 aa  154  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>