More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2705 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  100 
 
 		 286 aa  567  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  68.64 
 
 		 285 aa  328  6e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  68.92 
 
 		 270 aa  328  7e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  59.83 
 
 		 680 aa  286  2e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  58.33 
 
 		 743 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  57.89 
 
 		 687 aa  280  1e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.24 
 
 		 704 aa  279  3e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  56.96 
 
 		 736 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.99 
 
 		 576 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  57.89 
 
 		 795 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  56.36 
 
 		 690 aa  268  7e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  54.05 
 
 		 689 aa  268  8e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  59.21 
 
 		 598 aa  268  8.999999999999999e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  57.78 
 
 		 576 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  58.77 
 
 		 598 aa  266  2e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  58.22 
 
 		 293 aa  265  8e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  55.24 
 
 		 698 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  59.19 
 
 		 322 aa  264  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  58.85 
 
 		 784 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.47 
 
 		 609 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.19 
 
 		 620 aa  261  6.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  55.56 
 
 		 499 aa  260  2e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.84 
 
 		 327 aa  260  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  55.98 
 
 		 422 aa  259  4e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.08 
 
 		 528 aa  259  4e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  53.07 
 
 		 372 aa  257  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.77 
 
 		 247 aa  256  4e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  55.41 
 
 		 576 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.16 
 
 		 489 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  55.16 
 
 		 508 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  51.64 
 
 		 577 aa  251  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.61 
 
 		 466 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.11 
 
 		 669 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  53.11 
 
 		 674 aa  251  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  56.14 
 
 		 466 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.91 
 
 		 501 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  53.98 
 
 		 676 aa  250  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.36 
 
 		 601 aa  249  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  55.61 
 
 		 264 aa  246  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.07 
 
 		 457 aa  243  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  53.81 
 
 		 296 aa  243  3.9999999999999997e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 258 aa  183  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 247 aa  176  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  44.8 
 
 		 239 aa  175  8e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 271 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 236 aa  171  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 253 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 332 aa  170  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3440  pseudouridine synthase  40.82 
 
 		 268 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.46 
 
 		 686 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3150  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 268 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 251 aa  166  4e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.6 
 
 		 355 aa  166  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 266 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 266 aa  166  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  40.16 
 
 		 289 aa  165  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000682568  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.5 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.5 
 
 		 344 aa  163  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.05 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.34 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  41.96 
 
 		 379 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.34 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.23 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 554 aa  161  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 268 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 527 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 567 aa  160  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 587 aa  160  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  40.54 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.83 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.83 
 
 		 328 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  43.32 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.15 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  42.86 
 
 		 466 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  38.64 
 
 		 274 aa  159  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 291 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  42.15 
 
 		 291 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  42.08 
 
 		 736 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 288 aa  159  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 520 aa  159  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 417 aa  158  8e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 544 aa  158  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 291 aa  158  9e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 435 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.63 
 
 		 240 aa  158  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  39.34 
 
 		 248 aa  158  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  39.34 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.47 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>