More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A2031 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 615 aa  1206    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  71.45 
 
 		 631 aa  702    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  59.12 
 
 		 598 aa  524  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  58.21 
 
 		 594 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  63.72 
 
 		 594 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.03 
 
 		 588 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  59.6 
 
 		 502 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.9 
 
 		 633 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  58.61 
 
 		 554 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  58.37 
 
 		 554 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  58.61 
 
 		 513 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  58.37 
 
 		 554 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  58.61 
 
 		 554 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  58.37 
 
 		 554 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  63.64 
 
 		 554 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  49.92 
 
 		 586 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  62.77 
 
 		 572 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  49.92 
 
 		 586 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.91 
 
 		 572 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  51.7 
 
 		 626 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.4 
 
 		 586 aa  445  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  50.66 
 
 		 597 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  67.91 
 
 		 380 aa  438  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  64.05 
 
 		 417 aa  400  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  64.9 
 
 		 587 aa  397  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 447 aa  352  1e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  53.35 
 
 		 435 aa  348  1e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  47.15 
 
 		 466 aa  345  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1419  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.14 
 
 		 483 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.829241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  51.55 
 
 		 467 aa  336  7e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  59.34 
 
 		 527 aa  333  5e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 520 aa  331  2e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.56 
 
 		 544 aa  330  6e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2182  pseudouridine synthase  56.61 
 
 		 604 aa  328  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  60 
 
 		 736 aa  328  2.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.35 
 
 		 340 aa  317  5e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.91 
 
 		 686 aa  311  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  60.08 
 
 		 379 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  57.68 
 
 		 315 aa  297  4e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.81 
 
 		 383 aa  296  7e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  58.82 
 
 		 268 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  56.5 
 
 		 292 aa  281  3e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.5 
 
 		 292 aa  281  3e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.61 
 
 		 296 aa  278  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.61 
 
 		 291 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.61 
 
 		 291 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.2 
 
 		 291 aa  268  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.69 
 
 		 289 aa  267  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.87 
 
 		 344 aa  266  7e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  52.38 
 
 		 288 aa  266  7e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  56.2 
 
 		 291 aa  266  7e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  53.41 
 
 		 287 aa  266  8.999999999999999e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  54.1 
 
 		 290 aa  265  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  56.2 
 
 		 291 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.2 
 
 		 291 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  56.2 
 
 		 291 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.2 
 
 		 318 aa  266  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  56.2 
 
 		 291 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.66 
 
 		 355 aa  265  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.29 
 
 		 301 aa  265  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  55.1 
 
 		 293 aa  264  3e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.49 
 
 		 344 aa  264  3e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1753  RNA-binding S4 domain protein  54.73 
 
 		 318 aa  265  3e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.362888 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  49.63 
 
 		 386 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  51.18 
 
 		 386 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  53.36 
 
 		 291 aa  262  1e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  53.36 
 
 		 291 aa  262  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.36 
 
 		 291 aa  262  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  53.36 
 
 		 291 aa  262  1e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.51 
 
 		 299 aa  262  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.36 
 
 		 290 aa  262  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.36 
 
 		 291 aa  262  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.36 
 
 		 290 aa  262  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.36 
 
 		 291 aa  262  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  53.53 
 
 		 248 aa  262  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.75 
 
 		 291 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.75 
 
 		 291 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.75 
 
 		 291 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.75 
 
 		 291 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.75 
 
 		 291 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.36 
 
 		 290 aa  261  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  54.77 
 
 		 295 aa  261  2e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.31 
 
 		 345 aa  261  3e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  53.11 
 
 		 248 aa  260  4e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.17 
 
 		 291 aa  260  5.0000000000000005e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  50.4 
 
 		 289 aa  260  6e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.04 
 
 		 328 aa  260  6e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  52.99 
 
 		 290 aa  259  8e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.48 
 
 		 385 aa  259  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  52.96 
 
 		 290 aa  259  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0877  RNA pseudouridine synthase family protein  53.59 
 
 		 244 aa  258  2e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  49.59 
 
 		 317 aa  258  2e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.83 
 
 		 300 aa  258  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  49.61 
 
 		 409 aa  257  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.61 
 
 		 408 aa  257  5e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.85 
 
 		 354 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.85 
 
 		 355 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.85 
 
 		 355 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.16 
 
 		 244 aa  256  8e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.45 
 
 		 398 aa  256  8e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>