More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1058 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 285 aa  565  1e-160  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  63.41 
 
 		 270 aa  333  3e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  68.64 
 
 		 286 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  52.59 
 
 		 680 aa  257  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  55.16 
 
 		 687 aa  256  4e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  54.71 
 
 		 743 aa  255  7e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.83 
 
 		 501 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.16 
 
 		 620 aa  253  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.28 
 
 		 609 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  55.61 
 
 		 736 aa  251  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.37 
 
 		 704 aa  249  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  55.41 
 
 		 576 aa  249  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  54.71 
 
 		 795 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  54.5 
 
 		 690 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.62 
 
 		 247 aa  245  6e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.97 
 
 		 576 aa  245  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.36 
 
 		 601 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  52.47 
 
 		 577 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  51.1 
 
 		 372 aa  241  7e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  56.13 
 
 		 784 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.28 
 
 		 669 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  51.28 
 
 		 674 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.79 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  55.45 
 
 		 499 aa  240  2e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  54.04 
 
 		 466 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  52.56 
 
 		 264 aa  239  2.9999999999999997e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  54.11 
 
 		 689 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  52.54 
 
 		 598 aa  238  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  53.57 
 
 		 576 aa  236  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  52.12 
 
 		 598 aa  236  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  52.65 
 
 		 676 aa  235  7e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  52.17 
 
 		 508 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.17 
 
 		 489 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  53.07 
 
 		 698 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  48.29 
 
 		 422 aa  232  5e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  50.21 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  52.25 
 
 		 322 aa  230  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.74 
 
 		 466 aa  228  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.93 
 
 		 528 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.46 
 
 		 457 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  48.88 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  43.18 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  41.74 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.56 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 615 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.72 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.95 
 
 		 328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 686 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 736 aa  162  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  42.73 
 
 		 417 aa  162  7e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 631 aa  162  7e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  42.33 
 
 		 587 aa  161  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  41.82 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  43.19 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.65 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.24 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.33 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 355 aa  159  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  41.26 
 
 		 317 aa  157  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  41.44 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.55 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  41.96 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.99 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.99 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.99 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.99 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.99 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 253 aa  156  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 633 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.45 
 
 		 289 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 290 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.64 
 
 		 291 aa  155  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.89 
 
 		 268 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  38.43 
 
 		 598 aa  155  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  41.07 
 
 		 248 aa  155  7e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  39.43 
 
 		 626 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.18 
 
 		 344 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.6 
 
 		 290 aa  155  7e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.18 
 
 		 318 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  37.74 
 
 		 597 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  41.41 
 
 		 268 aa  154  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.18 
 
 		 344 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 594 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.9 
 
 		 255 aa  155  1e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.99 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 594 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 266 aa  153  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  38.71 
 
 		 502 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.99 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.99 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  40.99 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>