More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2231 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 466 aa  876    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  61.19 
 
 		 508 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.54 
 
 		 489 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  58.05 
 
 		 422 aa  386  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  66.11 
 
 		 296 aa  379  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  69.39 
 
 		 322 aa  379  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  73.39 
 
 		 457 aa  355  1e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.67 
 
 		 669 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.91 
 
 		 327 aa  312  6.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  63.68 
 
 		 680 aa  311  1e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  55.24 
 
 		 577 aa  312  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  54.67 
 
 		 674 aa  311  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.5 
 
 		 601 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  61.97 
 
 		 743 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  61.34 
 
 		 704 aa  306  7e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  62.66 
 
 		 576 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  61.97 
 
 		 687 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  63.09 
 
 		 689 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  61.44 
 
 		 676 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  62.08 
 
 		 698 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  59.58 
 
 		 576 aa  301  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  61.54 
 
 		 795 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  63.18 
 
 		 293 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  61.11 
 
 		 736 aa  299  8e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.49 
 
 		 609 aa  298  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  62.29 
 
 		 466 aa  297  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.26 
 
 		 576 aa  296  4e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  59.07 
 
 		 499 aa  296  5e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  57.89 
 
 		 598 aa  294  2e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.76 
 
 		 620 aa  294  3e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  57.89 
 
 		 598 aa  294  3e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  55.07 
 
 		 372 aa  293  4e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  60.68 
 
 		 690 aa  292  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.09 
 
 		 528 aa  289  8e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  60.5 
 
 		 784 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.52 
 
 		 247 aa  276  8e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.79 
 
 		 501 aa  273  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  58.82 
 
 		 264 aa  256  8e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  55.61 
 
 		 286 aa  249  7e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  51.74 
 
 		 285 aa  225  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  48.74 
 
 		 270 aa  222  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 290 aa  173  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 239 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 253 aa  169  9e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.58 
 
 		 274 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  39.18 
 
 		 331 aa  166  1.0000000000000001e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  44.29 
 
 		 567 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  44.24 
 
 		 736 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  42.01 
 
 		 271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 417 aa  164  3e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  42.66 
 
 		 587 aa  164  3e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  40.76 
 
 		 680 aa  164  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  37.84 
 
 		 382 aa  163  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  38.39 
 
 		 554 aa  162  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  38.62 
 
 		 598 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  42.6 
 
 		 317 aa  162  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  38.55 
 
 		 594 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  38.13 
 
 		 329 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.74 
 
 		 328 aa  160  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 258 aa  159  8e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.77 
 
 		 686 aa  159  9e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 379 aa  159  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 324 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 251 aa  158  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  39.55 
 
 		 243 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  36.62 
 
 		 386 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  38.55 
 
 		 594 aa  158  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  40.85 
 
 		 243 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  41.37 
 
 		 278 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  37.08 
 
 		 386 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.93 
 
 		 345 aa  157  4e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  42.79 
 
 		 298 aa  156  8e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 405 aa  156  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  41.7 
 
 		 248 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.34 
 
 		 588 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  41.7 
 
 		 248 aa  155  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  42.42 
 
 		 309 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  38.67 
 
 		 502 aa  155  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.11 
 
 		 631 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 240 aa  154  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.04 
 
 		 325 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  38.91 
 
 		 554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.55 
 
 		 344 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  38.84 
 
 		 597 aa  154  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  39.73 
 
 		 554 aa  154  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  39.73 
 
 		 554 aa  154  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  38.91 
 
 		 554 aa  154  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.98 
 
 		 300 aa  154  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  39.73 
 
 		 554 aa  154  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  38.34 
 
 		 513 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  38.46 
 
 		 586 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  38.46 
 
 		 586 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 247 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.98 
 
 		 340 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  36.92 
 
 		 318 aa  153  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  39.06 
 
 		 554 aa  153  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 626 aa  153  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.2 
 
 		 299 aa  153  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.46 
 
 		 586 aa  153  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>