More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3094 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 620 aa  1174    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  57.75 
 
 		 736 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  67.43 
 
 		 687 aa  382  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  55.56 
 
 		 795 aa  379  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  64.49 
 
 		 743 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  65.68 
 
 		 690 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  66.8 
 
 		 680 aa  363  3e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  67.8 
 
 		 784 aa  357  5e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.48 
 
 		 601 aa  356  8.999999999999999e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  61.9 
 
 		 674 aa  355  1e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  60.9 
 
 		 577 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.9 
 
 		 669 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  67.33 
 
 		 598 aa  351  2e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.89 
 
 		 528 aa  351  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.44 
 
 		 576 aa  350  6e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  66.93 
 
 		 598 aa  349  7e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.03 
 
 		 609 aa  348  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  68.44 
 
 		 576 aa  347  4e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  67.89 
 
 		 698 aa  345  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  65.86 
 
 		 704 aa  345  1e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  68.85 
 
 		 466 aa  345  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  64.23 
 
 		 499 aa  340  4e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  66.27 
 
 		 676 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 576 aa  337  3.9999999999999995e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.38 
 
 		 327 aa  311  2e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  61.76 
 
 		 508 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.76 
 
 		 489 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  58.17 
 
 		 422 aa  299  1e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  61.73 
 
 		 296 aa  296  8e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.76 
 
 		 466 aa  293  6e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.83 
 
 		 501 aa  291  3e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.25 
 
 		 247 aa  289  1e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.58 
 
 		 457 aa  287  5e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  60.76 
 
 		 293 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  61.37 
 
 		 322 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  56.12 
 
 		 372 aa  278  2e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  60.25 
 
 		 264 aa  272  2e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  56.19 
 
 		 286 aa  259  8e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  51.37 
 
 		 270 aa  250  5e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  55.16 
 
 		 285 aa  248  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.65 
 
 		 332 aa  191  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  35.41 
 
 		 680 aa  185  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.11 
 
 		 290 aa  177  5e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  45.91 
 
 		 624 aa  176  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.31 
 
 		 292 aa  176  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  49.31 
 
 		 292 aa  176  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  45.95 
 
 		 556 aa  172  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.91 
 
 		 686 aa  172  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  46.05 
 
 		 379 aa  171  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  44.5 
 
 		 567 aa  171  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  45.85 
 
 		 268 aa  168  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  43.87 
 
 		 298 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  46.19 
 
 		 301 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 554 aa  166  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  41.95 
 
 		 554 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  41.95 
 
 		 554 aa  165  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  41.95 
 
 		 513 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  41.95 
 
 		 554 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  44.58 
 
 		 290 aa  165  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  41.95 
 
 		 554 aa  165  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  41.95 
 
 		 554 aa  165  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  42.62 
 
 		 502 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  44.68 
 
 		 290 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 588 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 631 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  40.73 
 
 		 597 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  43.23 
 
 		 736 aa  163  7e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 554 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.08 
 
 		 586 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  42.08 
 
 		 586 aa  163  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  42.08 
 
 		 586 aa  163  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.08 
 
 		 294 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 288 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.26 
 
 		 615 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.32 
 
 		 633 aa  163  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  40.73 
 
 		 626 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  42.08 
 
 		 572 aa  163  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  40.86 
 
 		 386 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.08 
 
 		 572 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.08 
 
 		 294 aa  162  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  43.4 
 
 		 290 aa  162  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  40.86 
 
 		 386 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  41.92 
 
 		 248 aa  160  4e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  37.61 
 
 		 344 aa  161  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  42.86 
 
 		 289 aa  161  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 340 aa  160  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 287 aa  160  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  42.4 
 
 		 295 aa  160  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 293 aa  160  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 385 aa  160  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 271 aa  160  7e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.96 
 
 		 268 aa  160  8e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.11 
 
 		 289 aa  160  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.36 
 
 		 300 aa  160  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  41.7 
 
 		 291 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  41.7 
 
 		 248 aa  159  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 291 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.7 
 
 		 291 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 291 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 527 aa  159  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>