More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1286 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  100 
 
 		 598 aa  1177    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  75.54 
 
 		 594 aa  780    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  75.87 
 
 		 594 aa  789    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.33 
 
 		 631 aa  532  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  71.24 
 
 		 615 aa  520  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  55 
 
 		 513 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  55 
 
 		 554 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  55.22 
 
 		 554 aa  451  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  55 
 
 		 554 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  55 
 
 		 554 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  55 
 
 		 554 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  60.69 
 
 		 554 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.44 
 
 		 588 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  54.35 
 
 		 502 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  60.81 
 
 		 597 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.16 
 
 		 586 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  60.16 
 
 		 586 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  60.16 
 
 		 586 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.24 
 
 		 633 aa  433  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  56.09 
 
 		 380 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  58.86 
 
 		 626 aa  424  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  60.06 
 
 		 417 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  72.69 
 
 		 587 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  47.66 
 
 		 466 aa  343  5e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  52.72 
 
 		 520 aa  343  5e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.95 
 
 		 447 aa  339  9e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  49.86 
 
 		 435 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1419  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 483 aa  336  9e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.829241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2182  pseudouridine synthase  60.59 
 
 		 604 aa  335  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.85 
 
 		 686 aa  330  4e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  56.73 
 
 		 467 aa  327  4.0000000000000003e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  62.3 
 
 		 736 aa  325  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  58.21 
 
 		 527 aa  325  2e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.91 
 
 		 544 aa  324  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  59.84 
 
 		 379 aa  307  3e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.09 
 
 		 340 aa  307  4.0000000000000004e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.58 
 
 		 383 aa  294  4e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  56.43 
 
 		 315 aa  290  4e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 296 aa  278  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  52.81 
 
 		 268 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  52.55 
 
 		 292 aa  272  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.55 
 
 		 292 aa  272  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.79 
 
 		 291 aa  267  4e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.79 
 
 		 291 aa  267  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.78 
 
 		 289 aa  267  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.37 
 
 		 291 aa  267  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.38 
 
 		 355 aa  265  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  55.37 
 
 		 291 aa  264  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  55.37 
 
 		 291 aa  264  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  55.37 
 
 		 291 aa  264  3e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.37 
 
 		 291 aa  264  4e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  55.37 
 
 		 291 aa  264  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  51.98 
 
 		 288 aa  262  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  52.09 
 
 		 295 aa  261  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.61 
 
 		 344 aa  260  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.99 
 
 		 301 aa  261  4e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.61 
 
 		 318 aa  260  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  53.5 
 
 		 293 aa  260  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  50 
 
 		 290 aa  259  7e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.31 
 
 		 345 aa  259  1e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1753  RNA-binding S4 domain protein  52.65 
 
 		 318 aa  258  2e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.362888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  49.62 
 
 		 287 aa  258  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  48.52 
 
 		 386 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50 
 
 		 291 aa  258  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50 
 
 		 291 aa  258  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  50.77 
 
 		 290 aa  258  3e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.21 
 
 		 344 aa  257  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50 
 
 		 291 aa  258  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50 
 
 		 291 aa  258  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50 
 
 		 291 aa  258  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  50.77 
 
 		 290 aa  257  4e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  48.52 
 
 		 386 aa  257  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  53.36 
 
 		 248 aa  257  5e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  52.94 
 
 		 248 aa  256  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  51.68 
 
 		 289 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.79 
 
 		 299 aa  255  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.15 
 
 		 385 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.81 
 
 		 294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  48.89 
 
 		 291 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  48.89 
 
 		 291 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  48.89 
 
 		 291 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  48.89 
 
 		 290 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  48.89 
 
 		 290 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  48.89 
 
 		 291 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  48.89 
 
 		 291 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  48.89 
 
 		 291 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  51.44 
 
 		 409 aa  253  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.03 
 
 		 355 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.41 
 
 		 354 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.03 
 
 		 355 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.44 
 
 		 408 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.41 
 
 		 294 aa  253  8.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  48.89 
 
 		 290 aa  253  8.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  51.44 
 
 		 382 aa  253  8.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  48.97 
 
 		 293 aa  252  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.21 
 
 		 300 aa  251  2e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0646  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.65 
 
 		 315 aa  250  4e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.945317  normal  0.276422 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  51.65 
 
 		 310 aa  250  4e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  48.52 
 
 		 291 aa  250  5e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.41 
 
 		 405 aa  250  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>