More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oant_3036 on replicon NC_009668
Organism: Ochrobactrum anthropi ATCC 49188



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  82 
 
 		 598 aa  764    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  81.64 
 
 		 598 aa  761    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 576 aa  1111    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  61.06 
 
 		 499 aa  432  1e-120  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  59.43 
 
 		 698 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.24 
 
 		 704 aa  395  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  58.03 
 
 		 576 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  56.56 
 
 		 689 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  54.01 
 
 		 466 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  59.87 
 
 		 687 aa  375  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  68.38 
 
 		 736 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  69.11 
 
 		 743 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  67.06 
 
 		 795 aa  365  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  61.29 
 
 		 784 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  64.18 
 
 		 674 aa  362  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  68.29 
 
 		 690 aa  361  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.18 
 
 		 669 aa  360  3e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  66.94 
 
 		 680 aa  360  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.83 
 
 		 601 aa  355  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  66.67 
 
 		 577 aa  352  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.16 
 
 		 620 aa  350  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  65.99 
 
 		 576 aa  341  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.63 
 
 		 609 aa  335  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.52 
 
 		 327 aa  328  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.15 
 
 		 528 aa  327  3e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  62.95 
 
 		 676 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  63.07 
 
 		 322 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  63.25 
 
 		 508 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.25 
 
 		 489 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  63.52 
 
 		 293 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  59.84 
 
 		 422 aa  303  7.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.8 
 
 		 247 aa  296  6e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  61.54 
 
 		 296 aa  296  8e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.26 
 
 		 466 aa  296  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.14 
 
 		 457 aa  292  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  56.61 
 
 		 372 aa  290  4e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  55 
 
 		 501 aa  288  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  57.94 
 
 		 264 aa  269  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  60.99 
 
 		 286 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  55.32 
 
 		 270 aa  246  6e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  53.85 
 
 		 285 aa  239  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 624 aa  174  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.11 
 
 		 567 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.98 
 
 		 258 aa  169  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  45.09 
 
 		 271 aa  169  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 266 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 332 aa  167  5.9999999999999996e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 266 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45.54 
 
 		 239 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  40.98 
 
 		 556 aa  164  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 278 aa  162  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 379 aa  161  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  42.25 
 
 		 386 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  38.4 
 
 		 680 aa  161  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.55 
 
 		 385 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 554 aa  160  6e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.07 
 
 		 290 aa  160  7e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  41.47 
 
 		 386 aa  159  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 597 aa  159  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 274 aa  157  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  45.98 
 
 		 268 aa  158  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 251 aa  157  4e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.53 
 
 		 405 aa  156  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  36.47 
 
 		 554 aa  156  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.26 
 
 		 686 aa  156  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  36.47 
 
 		 554 aa  156  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.47 
 
 		 513 aa  156  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  36.47 
 
 		 554 aa  156  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  36.47 
 
 		 554 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  36.47 
 
 		 554 aa  156  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 587 aa  155  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 236 aa  155  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 382 aa  154  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  34.55 
 
 		 331 aa  155  2.9999999999999998e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.47 
 
 		 502 aa  154  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 633 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.41 
 
 		 247 aa  154  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 588 aa  154  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 736 aa  153  8e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 554 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  37.19 
 
 		 621 aa  153  8.999999999999999e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.55 
 
 		 586 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  42.73 
 
 		 417 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  37.19 
 
 		 594 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 292 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  46.36 
 
 		 292 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  39.55 
 
 		 586 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  39.55 
 
 		 586 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40 
 
 		 253 aa  152  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.83 
 
 		 300 aa  152  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  37.3 
 
 		 572 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.3 
 
 		 572 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  37.19 
 
 		 594 aa  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.38 
 
 		 340 aa  151  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 426 aa  150  5e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.3 
 
 		 380 aa  150  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 383 aa  150  6e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  38.31 
 
 		 406 aa  150  6e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 615 aa  150  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 631 aa  150  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>