More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0910 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 704 aa  1365    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  51.66 
 
 		 698 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  50.83 
 
 		 689 aa  548  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  65.1 
 
 		 576 aa  498  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  55.88 
 
 		 466 aa  403  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  55.88 
 
 		 499 aa  397  1e-109  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.95 
 
 		 576 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  68.23 
 
 		 598 aa  388  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  70.93 
 
 		 598 aa  386  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  63.44 
 
 		 795 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  67.21 
 
 		 687 aa  362  9e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  68.85 
 
 		 690 aa  360  7e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  60.47 
 
 		 736 aa  359  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  66.94 
 
 		 680 aa  358  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.55 
 
 		 609 aa  355  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  65.98 
 
 		 743 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.94 
 
 		 669 aa  351  2e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  66.53 
 
 		 674 aa  350  5e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.43 
 
 		 601 aa  350  7e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  63.12 
 
 		 784 aa  349  9e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.37 
 
 		 620 aa  348  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  61.76 
 
 		 577 aa  347  6e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.09 
 
 		 528 aa  336  7.999999999999999e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  66 
 
 		 676 aa  332  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  64.52 
 
 		 576 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.17 
 
 		 327 aa  317  4e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.46 
 
 		 457 aa  312  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  59.39 
 
 		 422 aa  311  4e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  63.09 
 
 		 508 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.09 
 
 		 489 aa  308  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.34 
 
 		 466 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  64.81 
 
 		 322 aa  303  6.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  62.66 
 
 		 296 aa  297  4e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  57.85 
 
 		 372 aa  294  3e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.93 
 
 		 247 aa  292  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  57.51 
 
 		 293 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  60 
 
 		 286 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  58.23 
 
 		 264 aa  274  4.0000000000000004e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  55.07 
 
 		 270 aa  249  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  56.44 
 
 		 285 aa  240  6.999999999999999e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.18 
 
 		 567 aa  178  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.77 
 
 		 290 aa  175  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.3 
 
 		 686 aa  173  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  44.05 
 
 		 736 aa  169  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.24 
 
 		 398 aa  168  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.84 
 
 		 328 aa  167  5e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 624 aa  164  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 631 aa  163  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 355 aa  162  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 587 aa  162  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 594 aa  161  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 332 aa  161  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.22 
 
 		 615 aa  161  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 379 aa  161  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  37.8 
 
 		 289 aa  161  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  34.67 
 
 		 331 aa  160  8e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  39.66 
 
 		 598 aa  160  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  42.72 
 
 		 271 aa  160  8e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  47.49 
 
 		 251 aa  160  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  40.96 
 
 		 556 aa  159  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 594 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.05 
 
 		 300 aa  159  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 417 aa  159  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  43.29 
 
 		 409 aa  156  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 554 aa  156  1e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  42.11 
 
 		 298 aa  156  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.29 
 
 		 408 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 239 aa  155  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 278 aa  155  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.76 
 
 		 344 aa  155  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.99 
 
 		 405 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.38 
 
 		 301 aa  154  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 527 aa  154  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.61 
 
 		 289 aa  154  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 633 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  39.35 
 
 		 597 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  154  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  41.82 
 
 		 466 aa  154  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 325 aa  154  7e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  153  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  153  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 554 aa  153  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  38.43 
 
 		 513 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 253 aa  153  8.999999999999999e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 588 aa  153  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  38.89 
 
 		 502 aa  153  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  38.76 
 
 		 344 aa  152  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 274 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.11 
 
 		 294 aa  152  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  37.96 
 
 		 626 aa  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 292 aa  152  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.11 
 
 		 294 aa  152  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  43.58 
 
 		 386 aa  152  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  43.86 
 
 		 382 aa  152  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  43.84 
 
 		 292 aa  152  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  38.43 
 
 		 586 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.43 
 
 		 586 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 554 aa  151  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  38.43 
 
 		 586 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>