More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_4639 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 501 aa  989    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  60.92 
 
 		 795 aa  300  6e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  57.89 
 
 		 736 aa  297  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  58.85 
 
 		 680 aa  296  4e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  58.44 
 
 		 687 aa  296  7e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.2 
 
 		 327 aa  293  5e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  58.61 
 
 		 743 aa  292  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.96 
 
 		 704 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.83 
 
 		 620 aa  290  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  60.33 
 
 		 784 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  58.37 
 
 		 264 aa  288  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  55 
 
 		 576 aa  288  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  58.13 
 
 		 674 aa  288  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  57.55 
 
 		 690 aa  288  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.13 
 
 		 669 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  56.79 
 
 		 576 aa  286  8e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  56.5 
 
 		 577 aa  286  8e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  59.32 
 
 		 576 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.38 
 
 		 609 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  54.84 
 
 		 372 aa  283  5.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  54.98 
 
 		 598 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  54.55 
 
 		 698 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  56.13 
 
 		 689 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  54.58 
 
 		 598 aa  280  5e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.26 
 
 		 601 aa  276  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  56.9 
 
 		 676 aa  276  5e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.2 
 
 		 247 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  56.75 
 
 		 322 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.1 
 
 		 528 aa  272  8.000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.79 
 
 		 466 aa  272  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  50.55 
 
 		 508 aa  269  7e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  49.44 
 
 		 499 aa  269  8.999999999999999e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  53.12 
 
 		 422 aa  268  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.72 
 
 		 489 aa  268  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  54.1 
 
 		 466 aa  257  4e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  52.31 
 
 		 296 aa  256  7e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  54.36 
 
 		 293 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  56.83 
 
 		 285 aa  252  1e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  52.33 
 
 		 270 aa  250  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  53.91 
 
 		 286 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.78 
 
 		 457 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.17 
 
 		 332 aa  172  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 736 aa  170  7e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 		 328 aa  168  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  44.89 
 
 		 292 aa  167  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.89 
 
 		 292 aa  167  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  38.46 
 
 		 331 aa  167  5e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1419  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 483 aa  167  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.829241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  39.25 
 
 		 527 aa  166  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.25 
 
 		 686 aa  164  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 379 aa  164  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 325 aa  164  3e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 405 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 467 aa  163  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 268 aa  163  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.17 
 
 		 291 aa  163  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.17 
 
 		 291 aa  163  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.17 
 
 		 291 aa  163  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.17 
 
 		 291 aa  163  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.17 
 
 		 291 aa  163  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.69 
 
 		 544 aa  163  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  40.16 
 
 		 248 aa  162  1e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 340 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  42.34 
 
 		 386 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  42.34 
 
 		 386 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  41.3 
 
 		 291 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  41.3 
 
 		 291 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.3 
 
 		 290 aa  161  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.25 
 
 		 345 aa  161  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.3 
 
 		 291 aa  161  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.3 
 
 		 291 aa  161  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.3 
 
 		 290 aa  161  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.3 
 
 		 291 aa  161  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  39.27 
 
 		 317 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  41.3 
 
 		 291 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 287 aa  161  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 631 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  42.98 
 
 		 289 aa  161  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.3 
 
 		 290 aa  162  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.36 
 
 		 344 aa  161  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 435 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  42.29 
 
 		 290 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 271 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  43.67 
 
 		 409 aa  160  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.36 
 
 		 344 aa  159  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  40.56 
 
 		 278 aa  160  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.49 
 
 		 447 aa  160  7e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  39.36 
 
 		 248 aa  159  9e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  42.79 
 
 		 466 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  39.11 
 
 		 329 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  38.55 
 
 		 597 aa  159  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.41 
 
 		 294 aa  159  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.44 
 
 		 294 aa  159  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  39.11 
 
 		 324 aa  159  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 355 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.08 
 
 		 383 aa  159  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.36 
 
 		 318 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 385 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>