More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4170 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  80.9 
 
 		 577 aa  729    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  98.56 
 
 		 669 aa  986    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 674 aa  1256    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.63 
 
 		 601 aa  538  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  72.15 
 
 		 576 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  69.93 
 
 		 609 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  69.48 
 
 		 576 aa  361  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  61.25 
 
 		 736 aa  359  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  57.91 
 
 		 499 aa  358  2.9999999999999997e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.9 
 
 		 620 aa  356  7.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  64.15 
 
 		 698 aa  355  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  64.08 
 
 		 466 aa  355  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  68.55 
 
 		 598 aa  353  4e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  58.57 
 
 		 795 aa  353  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  65 
 
 		 689 aa  353  7e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  68.15 
 
 		 598 aa  352  1e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  65.71 
 
 		 743 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  68.24 
 
 		 676 aa  350  6e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  65.31 
 
 		 687 aa  349  8e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  65.57 
 
 		 680 aa  349  9e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  65.31 
 
 		 690 aa  347  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  51.62 
 
 		 576 aa  347  5e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.27 
 
 		 327 aa  345  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.33 
 
 		 528 aa  342  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  63.71 
 
 		 784 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  63.39 
 
 		 704 aa  333  4e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.64 
 
 		 466 aa  310  4e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  60.85 
 
 		 508 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.85 
 
 		 489 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  58.44 
 
 		 422 aa  299  1e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  57.68 
 
 		 296 aa  289  1e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.13 
 
 		 501 aa  289  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  60.34 
 
 		 293 aa  288  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  52.83 
 
 		 322 aa  286  9e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.25 
 
 		 457 aa  283  9e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  53.53 
 
 		 372 aa  274  3e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.94 
 
 		 247 aa  268  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  57.2 
 
 		 264 aa  262  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  54.71 
 
 		 286 aa  246  6.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  50.41 
 
 		 270 aa  234  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  51.28 
 
 		 285 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.6 
 
 		 332 aa  183  9.000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 567 aa  177  8e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.57 
 
 		 290 aa  174  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  46.51 
 
 		 271 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.08 
 
 		 344 aa  167  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 686 aa  167  9e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  39.09 
 
 		 680 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.08 
 
 		 344 aa  165  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 554 aa  165  2.0000000000000002e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  39.42 
 
 		 624 aa  165  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 258 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 382 aa  164  6e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  40.55 
 
 		 386 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  42.66 
 
 		 266 aa  163  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.89 
 
 		 301 aa  162  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.73 
 
 		 405 aa  162  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.19 
 
 		 236 aa  162  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  42.66 
 
 		 266 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  40.16 
 
 		 386 aa  162  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 239 aa  162  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.79 
 
 		 385 aa  161  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.8 
 
 		 328 aa  161  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 587 aa  161  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  41.4 
 
 		 594 aa  160  8e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.83 
 
 		 300 aa  159  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 247 aa  159  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  41.86 
 
 		 598 aa  159  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  44.29 
 
 		 268 aa  158  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 325 aa  159  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.16 
 
 		 292 aa  159  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  44.16 
 
 		 292 aa  159  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.79 
 
 		 294 aa  158  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.79 
 
 		 294 aa  158  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  41.4 
 
 		 594 aa  158  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  39.65 
 
 		 417 aa  157  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  46.54 
 
 		 251 aa  157  4e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39 
 
 		 398 aa  158  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 631 aa  158  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.53 
 
 		 289 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  40 
 
 		 736 aa  157  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 615 aa  156  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.34 
 
 		 318 aa  156  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  36.11 
 
 		 621 aa  155  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 379 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 556 aa  156  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.57 
 
 		 355 aa  155  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 597 aa  154  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.84 
 
 		 383 aa  154  5e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.08 
 
 		 299 aa  154  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 633 aa  153  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.35 
 
 		 355 aa  153  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  42.5 
 
 		 409 aa  153  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  39.65 
 
 		 317 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 516 aa  153  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.76 
 
 		 408 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 290 aa  152  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  42.53 
 
 		 295 aa  152  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 288 aa  151  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 355 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>