More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2455 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 340 aa  682    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  67.21 
 
 		 379 aa  331  1e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  60 
 
 		 615 aa  316  5e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.22 
 
 		 631 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  60.47 
 
 		 554 aa  309  5e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  60 
 
 		 594 aa  309  5e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  58.94 
 
 		 594 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  63.29 
 
 		 554 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  63.29 
 
 		 554 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  63.29 
 
 		 554 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  63.29 
 
 		 554 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  63.29 
 
 		 513 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  62.87 
 
 		 502 aa  306  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  62.87 
 
 		 554 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.08 
 
 		 586 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  60.08 
 
 		 586 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  60.08 
 
 		 572 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  60.08 
 
 		 586 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  62.45 
 
 		 315 aa  305  7e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  59.26 
 
 		 598 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  57.78 
 
 		 597 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.08 
 
 		 572 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.04 
 
 		 633 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  63.29 
 
 		 380 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.68 
 
 		 588 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.85 
 
 		 296 aa  302  5.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  60.76 
 
 		 626 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  59.13 
 
 		 417 aa  295  8e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  61.22 
 
 		 447 aa  294  1e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  58.73 
 
 		 587 aa  293  3e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  62.18 
 
 		 435 aa  292  5e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  60.57 
 
 		 466 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.5 
 
 		 383 aa  290  2e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1419  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  61.34 
 
 		 483 aa  290  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.829241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  58.57 
 
 		 736 aa  288  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  60.08 
 
 		 467 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  59.34 
 
 		 520 aa  282  6.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  60.17 
 
 		 527 aa  281  1e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  60.17 
 
 		 544 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  57.68 
 
 		 386 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  57.26 
 
 		 386 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2182  pseudouridine synthase  58.78 
 
 		 604 aa  276  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.92 
 
 		 268 aa  276  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  57.81 
 
 		 268 aa  276  4e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.66 
 
 		 292 aa  276  5e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  59.66 
 
 		 292 aa  276  5e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1753  RNA-binding S4 domain protein  58.09 
 
 		 318 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.362888 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  55.73 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.68 
 
 		 294 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.29 
 
 		 686 aa  268  7e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.24 
 
 		 385 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.36 
 
 		 398 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  55.34 
 
 		 289 aa  267  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.28 
 
 		 294 aa  267  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  57.63 
 
 		 290 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  54.84 
 
 		 409 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.51 
 
 		 354 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.51 
 
 		 355 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.63 
 
 		 291 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.63 
 
 		 291 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  56.36 
 
 		 288 aa  266  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.84 
 
 		 408 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.51 
 
 		 355 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  56.45 
 
 		 290 aa  266  5e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.2 
 
 		 291 aa  266  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  56.85 
 
 		 295 aa  266  5e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1357  pseudouridine synthase  54.62 
 
 		 369 aa  265  5.999999999999999e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  55.19 
 
 		 382 aa  264  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  55.24 
 
 		 293 aa  264  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  55.93 
 
 		 287 aa  263  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0877  RNA pseudouridine synthase family protein  55.08 
 
 		 244 aa  263  3e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.08 
 
 		 244 aa  263  3e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.19 
 
 		 405 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  56.78 
 
 		 291 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  56.78 
 
 		 291 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.58 
 
 		 291 aa  262  4.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  56.78 
 
 		 291 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.13 
 
 		 328 aa  262  4.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  56.78 
 
 		 291 aa  262  6e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.78 
 
 		 291 aa  262  6e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.32 
 
 		 290 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.32 
 
 		 290 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  57.32 
 
 		 291 aa  262  8e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  57.32 
 
 		 291 aa  262  8e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.32 
 
 		 291 aa  262  8e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.32 
 
 		 291 aa  262  8e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.32 
 
 		 291 aa  262  8e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  57.32 
 
 		 291 aa  262  8e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  54.94 
 
 		 299 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  55.78 
 
 		 291 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  55.78 
 
 		 291 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  55.24 
 
 		 290 aa  261  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  55.78 
 
 		 291 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  55.78 
 
 		 291 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  55.78 
 
 		 291 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.2 
 
 		 318 aa  260  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  55.56 
 
 		 289 aa  260  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.32 
 
 		 290 aa  260  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.2 
 
 		 344 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.2 
 
 		 344 aa  259  4e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>