More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1927 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 422 aa  833    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  69.42 
 
 		 296 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  67.87 
 
 		 508 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.7 
 
 		 466 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  68.57 
 
 		 322 aa  373  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.43 
 
 		 489 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.78 
 
 		 457 aa  357  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  60.08 
 
 		 680 aa  317  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.03 
 
 		 704 aa  315  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.4 
 
 		 601 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  61.97 
 
 		 795 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  54.74 
 
 		 698 aa  306  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  53.24 
 
 		 577 aa  305  7e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  58.78 
 
 		 687 aa  305  9.000000000000001e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  55.91 
 
 		 689 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.73 
 
 		 576 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  62.98 
 
 		 466 aa  303  5.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.04 
 
 		 620 aa  301  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  57.14 
 
 		 743 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  59.92 
 
 		 736 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  58.04 
 
 		 690 aa  300  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.37 
 
 		 669 aa  300  3e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  56.37 
 
 		 674 aa  300  4e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  60.78 
 
 		 576 aa  299  5e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  58.87 
 
 		 576 aa  299  6e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.82 
 
 		 609 aa  299  8e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  59.18 
 
 		 598 aa  298  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  59.18 
 
 		 598 aa  298  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.67 
 
 		 528 aa  298  2e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.48 
 
 		 327 aa  297  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  58.51 
 
 		 293 aa  295  7e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  57.68 
 
 		 499 aa  295  9e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  53.93 
 
 		 372 aa  291  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  54.88 
 
 		 784 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  58.05 
 
 		 676 aa  286  5e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.6 
 
 		 247 aa  270  5e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.12 
 
 		 501 aa  269  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  57.4 
 
 		 286 aa  256  6e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  54.51 
 
 		 264 aa  248  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  48.09 
 
 		 270 aa  231  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  50 
 
 		 285 aa  226  6e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  40.82 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 236 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  44.93 
 
 		 239 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  42.27 
 
 		 271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  36.11 
 
 		 554 aa  160  5e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.38 
 
 		 290 aa  159  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.41 
 
 		 258 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  39.51 
 
 		 255 aa  158  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 556 aa  157  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  41.94 
 
 		 567 aa  157  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 247 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 426 aa  155  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  38.85 
 
 		 266 aa  153  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  41.55 
 
 		 624 aa  154  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 249 aa  153  5.9999999999999996e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  38.85 
 
 		 266 aa  153  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  38.34 
 
 		 680 aa  152  8.999999999999999e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  40.8 
 
 		 251 aa  152  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 686 aa  151  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 264 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 243 aa  151  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  36.34 
 
 		 386 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.32 
 
 		 238 aa  150  3e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  37.89 
 
 		 235 aa  150  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  41.44 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  39.38 
 
 		 621 aa  150  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  41.15 
 
 		 248 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 243 aa  150  5e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 736 aa  150  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  41.15 
 
 		 248 aa  149  6e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.55 
 
 		 344 aa  150  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 417 aa  149  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  37.89 
 
 		 587 aa  149  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.55 
 
 		 344 aa  149  7e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 242 aa  149  8e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.55 
 
 		 318 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  37.5 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.15 
 
 		 513 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  37.5 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  37.5 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.76 
 
 		 631 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  36.76 
 
 		 274 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  37.5 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  34.48 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  37.5 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.2 
 
 		 299 aa  148  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.08 
 
 		 242 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.11 
 
 		 340 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 588 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.08 
 
 		 242 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.08 
 
 		 242 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.08 
 
 		 242 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  37.08 
 
 		 242 aa  147  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  43.7 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 398 aa  147  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.06 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.08 
 
 		 242 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>