More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1211 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  100 
 
 		 243 aa  494  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  59.67 
 
 		 250 aa  271  6e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  56.73 
 
 		 251 aa  259  2e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  57.96 
 
 		 292 aa  248  8e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  54.1 
 
 		 274 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1418  pseudouridine synthase  53.47 
 
 		 292 aa  225  6e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.126081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  47.74 
 
 		 251 aa  205  4e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 271 aa  189  5e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.26 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  44.62 
 
 		 252 aa  184  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  44.62 
 
 		 252 aa  184  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  46.64 
 
 		 556 aa  182  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 235 aa  182  6e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  47.46 
 
 		 624 aa  182  6e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  45.57 
 
 		 241 aa  181  8.000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 258 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.02 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.63 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.96 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 273 aa  176  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 274 aa  176  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 264 aa  175  5e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 233 aa  175  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 238 aa  175  7e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 239 aa  174  8e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 553 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 261 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 240 aa  172  5e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 249 aa  172  5.999999999999999e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  41.06 
 
 		 254 aa  170  2e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  43.44 
 
 		 306 aa  168  7e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  42.31 
 
 		 680 aa  167  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  41.25 
 
 		 253 aa  167  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09831  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  43.21 
 
 		 244 aa  166  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  42.26 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 249 aa  166  2e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 266 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 238 aa  166  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  41.67 
 
 		 406 aa  165  5.9999999999999996e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  44.02 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  39.41 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 250 aa  162  3e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 403 aa  163  3e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  41.8 
 
 		 259 aa  162  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 236 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.57 
 
 		 567 aa  161  8.000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  40.49 
 
 		 259 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  38.14 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  41.77 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  44.86 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.21 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  38.14 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 242 aa  159  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  38.14 
 
 		 242 aa  159  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 242 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 242 aa  159  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.29 
 
 		 255 aa  159  5e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 239 aa  158  6e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 247 aa  157  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.82 
 
 		 238 aa  157  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  39.06 
 
 		 237 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  39.32 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  39.22 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  39.57 
 
 		 227 aa  154  1e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 516 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 243 aa  154  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.39 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 243 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  40.83 
 
 		 263 aa  153  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  40.57 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  35.86 
 
 		 228 aa  152  4e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  40.51 
 
 		 576 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 260 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  40.32 
 
 		 236 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 354 aa  151  8e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  40.91 
 
 		 236 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  38.53 
 
 		 384 aa  150  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  38.82 
 
 		 562 aa  150  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  34.33 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  38.79 
 
 		 385 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>