More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1958 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  64.23 
 
 		 251 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  52.83 
 
 		 274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  56.33 
 
 		 250 aa  265  5.999999999999999e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  57.96 
 
 		 243 aa  263  3e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1418  pseudouridine synthase  52.63 
 
 		 292 aa  247  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.126081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  50.41 
 
 		 251 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  46.31 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 264 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  47.28 
 
 		 556 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.26 
 
 		 237 aa  192  4e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  47.28 
 
 		 624 aa  190  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.12 
 
 		 247 aa  188  9e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  44.53 
 
 		 273 aa  186  4e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  42.63 
 
 		 553 aa  186  4e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 253 aa  185  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  45.31 
 
 		 567 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.26 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  42.4 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 258 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  42.91 
 
 		 680 aa  179  5.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.9 
 
 		 240 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  41.25 
 
 		 238 aa  176  4e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 238 aa  175  8e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 247 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.32 
 
 		 274 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  42.52 
 
 		 322 aa  172  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.32 
 
 		 236 aa  170  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  41.27 
 
 		 406 aa  170  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  43.6 
 
 		 252 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  43.6 
 
 		 252 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.37 
 
 		 243 aa  170  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  43.85 
 
 		 426 aa  169  4e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  36.78 
 
 		 242 aa  169  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  37.6 
 
 		 242 aa  169  6e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.6 
 
 		 242 aa  169  6e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.24 
 
 		 249 aa  169  6e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.6 
 
 		 242 aa  169  6e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  37.6 
 
 		 242 aa  169  7e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.6 
 
 		 242 aa  169  7e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  39.82 
 
 		 230 aa  168  8e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 240 aa  168  1e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.84 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  43.27 
 
 		 238 aa  168  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 235 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 403 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 269 aa  167  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  37.19 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 243 aa  167  2.9999999999999998e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  39.42 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.11 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  37.55 
 
 		 245 aa  165  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  42.91 
 
 		 306 aa  165  5.9999999999999996e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  40.8 
 
 		 329 aa  165  6.9999999999999995e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  38.11 
 
 		 250 aa  165  8e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  42.17 
 
 		 233 aa  165  8e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 239 aa  165  9e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  41.08 
 
 		 243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  40.96 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 243 aa  164  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.76 
 
 		 239 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  40.57 
 
 		 248 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  36.23 
 
 		 554 aa  163  3e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  40 
 
 		 251 aa  163  3e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  41.91 
 
 		 263 aa  163  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  42.4 
 
 		 259 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  35.52 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  37.34 
 
 		 228 aa  160  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 265 aa  159  4e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  40 
 
 		 621 aa  159  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  39.2 
 
 		 375 aa  159  5e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  37.86 
 
 		 244 aa  158  9e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 243 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.92 
 
 		 236 aa  158  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  39.36 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  46.03 
 
 		 728 aa  157  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 236 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  38.11 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 254 aa  156  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  35.63 
 
 		 245 aa  156  4e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  37.5 
 
 		 243 aa  156  4e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 249 aa  156  5.0000000000000005e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 354 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_695  pseudouridine synthase, RsuA family  39.52 
 
 		 249 aa  155  6e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 251 aa  155  6e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>