More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene STER_0309 on replicon NC_008532
Organism: Streptococcus thermophilus LMD-9



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 255 aa  513  1e-144  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  89.54 
 
 		 240 aa  441  1e-123  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  66.95 
 
 		 239 aa  328  7e-89  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.93 
 
 		 249 aa  268  8e-71  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  53.59 
 
 		 243 aa  266  2e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  54.47 
 
 		 245 aa  263  2e-69  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  55.32 
 
 		 243 aa  260  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.68 
 
 		 242 aa  259  4e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.94 
 
 		 238 aa  258  8e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  51.68 
 
 		 242 aa  258  8e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  52.1 
 
 		 242 aa  258  8e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.68 
 
 		 242 aa  258  9e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.68 
 
 		 242 aa  258  9e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  51.68 
 
 		 242 aa  257  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  51.68 
 
 		 242 aa  257  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.68 
 
 		 242 aa  257  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.68 
 
 		 242 aa  257  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.68 
 
 		 242 aa  257  1e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  51.26 
 
 		 242 aa  257  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  50.63 
 
 		 245 aa  236  4e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 309 aa  226  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.94 
 
 		 239 aa  221  6e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.91 
 
 		 237 aa  219  1.9999999999999999e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.36 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.36 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  46.84 
 
 		 273 aa  215  4e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  47.21 
 
 		 271 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  49.58 
 
 		 236 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 235 aa  208  8e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  50.22 
 
 		 230 aa  208  8e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  44.92 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  44.87 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  42.19 
 
 		 264 aa  198  7e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.88 
 
 		 240 aa  198  9e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 239 aa  198  9e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 247 aa  196  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  44.96 
 
 		 233 aa  195  5.000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 266 aa  194  8.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 258 aa  194  9e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 266 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.16 
 
 		 237 aa  194  2e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 236 aa  192  6e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  42.26 
 
 		 296 aa  191  8e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 238 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 251 aa  186  2e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.33 
 
 		 251 aa  186  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 241 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 254 aa  182  3e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  41.91 
 
 		 250 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 329 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 252 aa  182  6e-45  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 324 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 228 aa  180  2e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 249 aa  180  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  39 
 
 		 553 aa  180  2e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 328 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  41.32 
 
 		 268 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  41.1 
 
 		 228 aa  176  4e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.23 
 
 		 236 aa  175  6e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 248 aa  174  8e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1023  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 233 aa  174  9e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 249 aa  174  9e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  42.31 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  41.08 
 
 		 251 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 555 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  38.31 
 
 		 694 aa  172  6.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  40.41 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 243 aa  171  1e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 251 aa  170  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  37.45 
 
 		 375 aa  169  4e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 240 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 239 aa  168  6e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  39.43 
 
 		 280 aa  169  6e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 247 aa  169  6e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 247 aa  168  6e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  37.69 
 
 		 282 aa  167  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 243 aa  167  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.71 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  38.72 
 
 		 680 aa  166  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  41.88 
 
 		 638 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.27 
 
 		 247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0778  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 234 aa  165  8e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.132612  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 244 aa  164  9e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  40.17 
 
 		 562 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 354 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>