More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0976 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  100 
 
 		 694 aa  1252    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  77.14 
 
 		 375 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  49.24 
 
 		 621 aa  358  9.999999999999999e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  66.41 
 
 		 426 aa  325  2e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  59.76 
 
 		 322 aa  277  5e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  59.41 
 
 		 249 aa  276  1.0000000000000001e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.78 
 
 		 247 aa  275  2.0000000000000002e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  55.79 
 
 		 403 aa  275  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  56.52 
 
 		 318 aa  271  2e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  55.83 
 
 		 406 aa  271  2.9999999999999997e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  59.34 
 
 		 250 aa  268  2.9999999999999995e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.08 
 
 		 252 aa  256  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  54.44 
 
 		 284 aa  255  2.0000000000000002e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  57.32 
 
 		 306 aa  254  3e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  52.87 
 
 		 263 aa  254  3e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  57.26 
 
 		 332 aa  254  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  54.66 
 
 		 329 aa  253  6e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  56.67 
 
 		 259 aa  253  7e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  54.73 
 
 		 247 aa  253  9.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5425  pseudouridine synthase  56.49 
 
 		 246 aa  252  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.974125  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  56.49 
 
 		 244 aa  250  5e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.23 
 
 		 269 aa  250  8e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  52.05 
 
 		 265 aa  250  8e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.2 
 
 		 251 aa  249  1e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  56.12 
 
 		 256 aa  246  9.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  55 
 
 		 245 aa  245  1.9999999999999999e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  53.5 
 
 		 247 aa  245  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  55.27 
 
 		 280 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  54.96 
 
 		 254 aa  243  7.999999999999999e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.85 
 
 		 247 aa  243  1e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.85 
 
 		 247 aa  243  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.85 
 
 		 247 aa  243  1e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  55.7 
 
 		 262 aa  240  5.999999999999999e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  55.6 
 
 		 319 aa  228  4e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  52.5 
 
 		 243 aa  227  7e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  49.79 
 
 		 256 aa  226  9e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  51.65 
 
 		 306 aa  224  3e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  49.6 
 
 		 284 aa  219  8.999999999999998e-56  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  46.47 
 
 		 264 aa  209  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  50.42 
 
 		 251 aa  209  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  47.48 
 
 		 624 aa  209  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  47.5 
 
 		 309 aa  203  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 555 aa  200  6e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  47.46 
 
 		 556 aa  196  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  39.92 
 
 		 680 aa  192  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  47.92 
 
 		 273 aa  189  1e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.54 
 
 		 240 aa  189  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  47.11 
 
 		 354 aa  188  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  43.8 
 
 		 296 aa  183  9.000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 236 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  41.84 
 
 		 238 aa  181  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  48.32 
 
 		 253 aa  181  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.58 
 
 		 258 aa  181  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  44.59 
 
 		 567 aa  181  4.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  49.59 
 
 		 233 aa  180  8e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.19 
 
 		 247 aa  180  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  44.87 
 
 		 245 aa  180  9e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  38.2 
 
 		 638 aa  179  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  45.3 
 
 		 243 aa  179  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  48.51 
 
 		 238 aa  179  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 728 aa  178  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  44.12 
 
 		 271 aa  178  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 238 aa  178  4e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 266 aa  176  9e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 243 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 266 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45.89 
 
 		 239 aa  175  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 237 aa  174  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  43.27 
 
 		 255 aa  173  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 249 aa  173  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 235 aa  172  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 242 aa  172  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40.51 
 
 		 242 aa  171  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.51 
 
 		 242 aa  171  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  171  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  171  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  171  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  170  6e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  170  6e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 242 aa  170  7e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 324 aa  170  7e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  170  8e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 329 aa  170  8e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.51 
 
 		 242 aa  170  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 274 aa  170  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 239 aa  168  2.9999999999999998e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.87 
 
 		 236 aa  168  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  40.78 
 
 		 387 aa  166  9e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 240 aa  166  1.0000000000000001e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 328 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 554 aa  165  3e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 282 aa  165  3e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 245 aa  164  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  36 
 
 		 562 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 245 aa  164  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 241 aa  164  6e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 239 aa  164  6e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  42.8 
 
 		 268 aa  164  7e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 252 aa  162  1e-38  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  38.82 
 
 		 239 aa  163  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>