More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1406 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  100 
 
 		 239 aa  484  1e-136  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  50.63 
 
 		 243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.26 
 
 		 237 aa  241  7.999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  51.25 
 
 		 243 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.49 
 
 		 240 aa  235  6e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  48.48 
 
 		 264 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  50 
 
 		 245 aa  231  1e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  49.58 
 
 		 238 aa  228  5e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  48.94 
 
 		 242 aa  226  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  47.62 
 
 		 236 aa  226  3e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.37 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.37 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  48.09 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  48.09 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.09 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.09 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.09 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.09 
 
 		 242 aa  223  3e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  48.09 
 
 		 242 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.09 
 
 		 242 aa  223  3e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  48.48 
 
 		 251 aa  222  4e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  48.09 
 
 		 242 aa  221  6e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  46.15 
 
 		 309 aa  221  7e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.66 
 
 		 242 aa  221  7e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.41 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 239 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.32 
 
 		 247 aa  215  5e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.83 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  41.99 
 
 		 235 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.32 
 
 		 258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  46.38 
 
 		 245 aa  211  5.999999999999999e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  45.89 
 
 		 266 aa  211  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  45.89 
 
 		 266 aa  210  2e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  46.26 
 
 		 230 aa  209  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  46.78 
 
 		 241 aa  207  8e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.55 
 
 		 240 aa  206  3e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  45.02 
 
 		 274 aa  206  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.92 
 
 		 249 aa  206  3e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 255 aa  204  1e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  47.01 
 
 		 255 aa  202  5e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  44.83 
 
 		 271 aa  201  7e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.49 
 
 		 238 aa  200  1.9999999999999998e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.89 
 
 		 236 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  46.61 
 
 		 233 aa  198  7.999999999999999e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 239 aa  196  3e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 244 aa  190  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  43.35 
 
 		 296 aa  189  2e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 236 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 236 aa  188  5e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.53 
 
 		 249 aa  188  5.999999999999999e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 555 aa  184  8e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 273 aa  182  3e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 237 aa  182  4.0000000000000006e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 251 aa  181  7e-45  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 553 aa  177  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  43.33 
 
 		 268 aa  176  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 282 aa  176  3e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 265 aa  174  9.999999999999999e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  38.91 
 
 		 375 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  38.72 
 
 		 562 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  39.39 
 
 		 387 aa  172  5e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 324 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 329 aa  171  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 694 aa  171  7.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.79 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 243 aa  169  2e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 329 aa  170  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 250 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  38.03 
 
 		 638 aa  169  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  38.34 
 
 		 279 aa  169  3e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 556 aa  169  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  39.91 
 
 		 263 aa  169  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  37.66 
 
 		 252 aa  169  4e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.02 
 
 		 252 aa  168  6e-41  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 354 aa  168  9e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 624 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 319 aa  166  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 280 aa  165  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  39.32 
 
 		 318 aa  165  5.9999999999999996e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  39.06 
 
 		 259 aa  165  5.9999999999999996e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 269 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  39.42 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  39.48 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 403 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1293  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.159925  normal  0.17953 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 250 aa  162  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  42.37 
 
 		 516 aa  161  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  38.89 
 
 		 406 aa  161  9e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>