More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0757 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 238 aa  477  1e-134  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  59.32 
 
 		 243 aa  290  1e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  59.75 
 
 		 243 aa  290  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.75 
 
 		 249 aa  289  3e-77  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  57.63 
 
 		 242 aa  277  1e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  61.04 
 
 		 245 aa  269  2.9999999999999997e-71  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  54.66 
 
 		 242 aa  266  2e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.66 
 
 		 242 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.66 
 
 		 242 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  54.66 
 
 		 242 aa  265  2.9999999999999995e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  54.66 
 
 		 242 aa  265  5e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.66 
 
 		 242 aa  265  5e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.66 
 
 		 242 aa  265  5e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.94 
 
 		 240 aa  264  7e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.08 
 
 		 242 aa  263  1e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  54.24 
 
 		 242 aa  263  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.24 
 
 		 242 aa  263  2e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.94 
 
 		 255 aa  258  7e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.51 
 
 		 239 aa  249  2e-65  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  50.21 
 
 		 245 aa  237  1e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.69 
 
 		 245 aa  231  6e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.69 
 
 		 245 aa  231  6e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.59 
 
 		 237 aa  229  3e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  49.58 
 
 		 236 aa  225  5.0000000000000005e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 255 aa  224  8e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  49.15 
 
 		 271 aa  222  4e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  51.07 
 
 		 273 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.57 
 
 		 237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  49.78 
 
 		 230 aa  214  7e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  48.09 
 
 		 296 aa  214  9e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 309 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  48.12 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  48.75 
 
 		 266 aa  211  5.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  47.9 
 
 		 251 aa  211  5.999999999999999e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  48.33 
 
 		 266 aa  209  2e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.05 
 
 		 239 aa  209  4e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.76 
 
 		 247 aa  208  5e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  46.22 
 
 		 264 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  45.99 
 
 		 274 aa  204  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  48.31 
 
 		 375 aa  203  2e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.93 
 
 		 251 aa  203  2e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  45.96 
 
 		 251 aa  202  4e-51  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 241 aa  202  5e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  47.88 
 
 		 238 aa  201  6e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  44.87 
 
 		 235 aa  199  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  45.49 
 
 		 239 aa  200  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 252 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.64 
 
 		 240 aa  198  5e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 238 aa  198  5e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 250 aa  198  7.999999999999999e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.57 
 
 		 249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 253 aa  196  3e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  46.84 
 
 		 233 aa  195  6e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 236 aa  195  7e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  43.07 
 
 		 282 aa  193  2e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 243 aa  191  8e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  42.68 
 
 		 250 aa  190  1e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  45 
 
 		 556 aa  190  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  46.44 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 		 258 aa  188  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 247 aa  188  7e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  47.68 
 
 		 250 aa  187  9e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.28 
 
 		 247 aa  187  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  46.41 
 
 		 268 aa  187  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 624 aa  186  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 567 aa  186  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  43.51 
 
 		 256 aa  186  4e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 324 aa  185  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 254 aa  185  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 329 aa  185  6e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  45.19 
 
 		 256 aa  184  9e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 328 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  45.06 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  44.92 
 
 		 694 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  41.9 
 
 		 279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  44.54 
 
 		 252 aa  182  3e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  44.81 
 
 		 248 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  42.53 
 
 		 680 aa  181  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.3 
 
 		 269 aa  181  8.000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 322 aa  181  9.000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  43.28 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  44.64 
 
 		 284 aa  178  7e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 354 aa  178  7e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  46.22 
 
 		 329 aa  177  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 265 aa  177  1e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  43.7 
 
 		 280 aa  177  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  42.26 
 
 		 237 aa  177  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.77 
 
 		 247 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.77 
 
 		 247 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.77 
 
 		 247 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1293  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 254 aa  176  4e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.159925  normal  0.17953 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 426 aa  175  5e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  44.12 
 
 		 247 aa  175  5e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  44.02 
 
 		 254 aa  175  6e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 247 aa  174  9e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.28 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>