More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1319 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 268 aa  542  1e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  50.42 
 
 		 555 aa  221  8e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  47.95 
 
 		 242 aa  209  3e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  47.95 
 
 		 242 aa  209  5e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  47.13 
 
 		 242 aa  208  7e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  47.95 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  47.95 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 242 aa  208  8e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  47.92 
 
 		 243 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  45.15 
 
 		 562 aa  205  7e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 243 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  46.19 
 
 		 638 aa  203  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  41.74 
 
 		 252 aa  202  5e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  45 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  43.57 
 
 		 248 aa  194  1e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.25 
 
 		 243 aa  194  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  42.86 
 
 		 472 aa  192  6e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  43.7 
 
 		 236 aa  191  8e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.97 
 
 		 240 aa  191  9e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  46.15 
 
 		 387 aa  191  1e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  43.67 
 
 		 516 aa  190  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  44.66 
 
 		 247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  46.81 
 
 		 271 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  43.75 
 
 		 245 aa  189  5e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 249 aa  189  5e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  44.67 
 
 		 251 aa  187  2e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.41 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  44.81 
 
 		 264 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  44.9 
 
 		 250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  42.56 
 
 		 252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  44.08 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 254 aa  181  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  46.47 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 240 aa  180  2e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.41 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.15 
 
 		 239 aa  178  8e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 249 aa  177  1e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  43.02 
 
 		 266 aa  177  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  45.04 
 
 		 329 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 238 aa  177  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.04 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  44.96 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 253 aa  176  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  43.33 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  44.63 
 
 		 324 aa  175  6e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  42.25 
 
 		 266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  38.3 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 239 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 247 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 694 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  43.95 
 
 		 259 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 236 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  43.03 
 
 		 329 aa  171  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  41.32 
 
 		 322 aa  169  6e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  40.5 
 
 		 250 aa  168  7e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 247 aa  168  9e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  43.85 
 
 		 553 aa  168  9e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 247 aa  168  9e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 247 aa  168  9e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  42.26 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  42.98 
 
 		 254 aa  167  2e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.8 
 
 		 380 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  41.6 
 
 		 375 aa  167  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 241 aa  167  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.64 
 
 		 236 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  42.45 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  42.38 
 
 		 273 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  40.8 
 
 		 554 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.8 
 
 		 513 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  41.06 
 
 		 502 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  40.8 
 
 		 554 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  40.8 
 
 		 554 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  40.8 
 
 		 554 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  40.8 
 
 		 554 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 239 aa  166  5e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0763  pseudouridine synthase, Rsu  47.56 
 
 		 253 aa  165  5.9999999999999996e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  40.8 
 
 		 586 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  40 
 
 		 554 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  40.8 
 
 		 586 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 236 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.8 
 
 		 586 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  40.15 
 
 		 572 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>