More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4420 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 638 aa  1240    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  45.77 
 
 		 555 aa  395  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  68.8 
 
 		 562 aa  348  1e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  60.5 
 
 		 472 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 516 aa  304  3.0000000000000004e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  60.34 
 
 		 252 aa  290  7e-77  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  56.49 
 
 		 387 aa  273  1e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  45.8 
 
 		 259 aa  216  9.999999999999999e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.89 
 
 		 302 aa  215  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  45.99 
 
 		 268 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  33.92 
 
 		 621 aa  192  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  44.12 
 
 		 250 aa  192  2e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  38.91 
 
 		 680 aa  189  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  43.51 
 
 		 254 aa  187  7e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 248 aa  187  8e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.97 
 
 		 237 aa  186  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  43.67 
 
 		 252 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.4 
 
 		 243 aa  184  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  44.26 
 
 		 251 aa  183  7e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 239 aa  182  2e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 238 aa  181  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  43.42 
 
 		 238 aa  181  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.33 
 
 		 355 aa  179  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 309 aa  180  9e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 624 aa  179  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 247 aa  179  1e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 264 aa  177  8e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 403 aa  176  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  39.48 
 
 		 406 aa  176  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  39.48 
 
 		 567 aa  174  5.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 242 aa  174  6.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  38.2 
 
 		 694 aa  173  7.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 273 aa  173  7.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.56 
 
 		 332 aa  172  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.14 
 
 		 328 aa  172  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 239 aa  172  2e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  33.18 
 
 		 736 aa  171  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 243 aa  171  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.49 
 
 		 258 aa  170  9e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 728 aa  169  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 243 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 556 aa  169  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  37.8 
 
 		 274 aa  169  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  38.03 
 
 		 239 aa  168  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.77 
 
 		 332 aa  168  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.07 
 
 		 245 aa  167  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.07 
 
 		 245 aa  167  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 255 aa  167  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 240 aa  167  5e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 244 aa  167  6.9999999999999995e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 242 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 239 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.85 
 
 		 242 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 249 aa  165  2.0000000000000002e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 274 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40.51 
 
 		 242 aa  165  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.51 
 
 		 242 aa  165  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  165  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 239 aa  164  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 242 aa  165  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  165  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 255 aa  165  3e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 242 aa  165  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  40.95 
 
 		 266 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  42.8 
 
 		 245 aa  164  6e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 265 aa  164  6e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.13 
 
 		 236 aa  163  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 266 aa  163  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 271 aa  162  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 235 aa  162  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  39.08 
 
 		 375 aa  161  4e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 238 aa  161  4e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 553 aa  160  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  31.13 
 
 		 690 aa  160  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 241 aa  159  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 251 aa  159  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  36.97 
 
 		 384 aa  158  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.13 
 
 		 332 aa  157  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 247 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 241 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  38.3 
 
 		 245 aa  157  6e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 426 aa  157  8e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.18 
 
 		 309 aa  156  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  36.97 
 
 		 385 aa  156  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 306 aa  155  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.55 
 
 		 290 aa  155  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 240 aa  155  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.55 
 
 		 290 aa  155  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 249 aa  155  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 251 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 237 aa  155  2.9999999999999998e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  39.15 
 
 		 290 aa  154  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.4 
 
 		 289 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  39.15 
 
 		 290 aa  154  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  39.15 
 
 		 290 aa  154  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.71 
 
 		 289 aa  154  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  38.4 
 
 		 289 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  39.15 
 
 		 290 aa  154  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>