More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2989 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  100 
 
 		 280 aa  549  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5425  pseudouridine synthase  60.82 
 
 		 246 aa  283  3.0000000000000004e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.974125  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  60.25 
 
 		 426 aa  280  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.2 
 
 		 247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  59.18 
 
 		 259 aa  273  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  60.08 
 
 		 247 aa  271  8.000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  57.55 
 
 		 249 aa  271  8.000000000000001e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  59.67 
 
 		 247 aa  268  8e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.58 
 
 		 252 aa  267  2e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  57.2 
 
 		 329 aa  266  2.9999999999999995e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.44 
 
 		 247 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.44 
 
 		 247 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.44 
 
 		 247 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  57.54 
 
 		 319 aa  265  5e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  56.61 
 
 		 375 aa  264  1e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  56.33 
 
 		 332 aa  264  1e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  54.25 
 
 		 250 aa  262  4.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  58.16 
 
 		 262 aa  261  1e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  57.61 
 
 		 245 aa  259  4e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  57.32 
 
 		 256 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  53.12 
 
 		 322 aa  257  1e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  53.5 
 
 		 244 aa  256  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  56.61 
 
 		 254 aa  257  2e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  56.25 
 
 		 621 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  51.91 
 
 		 403 aa  252  4.0000000000000004e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  55.23 
 
 		 694 aa  252  4.0000000000000004e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  54.96 
 
 		 406 aa  251  1e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  53.31 
 
 		 284 aa  248  6e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  54.13 
 
 		 243 aa  245  4.9999999999999997e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.85 
 
 		 269 aa  244  8e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  54.17 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  50.19 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  49.58 
 
 		 263 aa  238  5.999999999999999e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.74 
 
 		 251 aa  233  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  48.32 
 
 		 256 aa  232  5e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  50.21 
 
 		 318 aa  231  9e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 265 aa  231  1e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  48.74 
 
 		 284 aa  228  6e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  48.74 
 
 		 251 aa  215  5e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  48.96 
 
 		 273 aa  201  9.999999999999999e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.12 
 
 		 309 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  46.22 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 247 aa  193  3e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 264 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.02 
 
 		 258 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  45.53 
 
 		 243 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.38 
 
 		 249 aa  187  1e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  45.19 
 
 		 329 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  45.19 
 
 		 324 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  46.06 
 
 		 354 aa  185  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 237 aa  185  7e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.15 
 
 		 236 aa  183  3e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.15 
 
 		 240 aa  182  5.0000000000000004e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  43.8 
 
 		 255 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 238 aa  181  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  41.84 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 236 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 243 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 239 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 243 aa  177  2e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.55 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.7 
 
 		 238 aa  177  2e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  43.46 
 
 		 253 aa  176  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  41.18 
 
 		 251 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 274 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  43.14 
 
 		 279 aa  173  1.9999999999999998e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 554 aa  173  2.9999999999999996e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  41.84 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 266 aa  172  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 239 aa  172  5.999999999999999e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 242 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 242 aa  171  9e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  39.32 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.5 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.5 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  39.32 
 
 		 242 aa  170  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  38.89 
 
 		 242 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 242 aa  169  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 268 aa  169  6e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 249 aa  168  7e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.43 
 
 		 255 aa  169  7e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  37.77 
 
 		 235 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 241 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 556 aa  168  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  41.91 
 
 		 254 aa  167  2e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3005  RNA-binding S4 domain protein  43.35 
 
 		 369 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  46.75 
 
 		 386 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  46.75 
 
 		 386 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.93 
 
 		 355 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>