More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_2171 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  100 
 
 		 245 aa  495  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  61.25 
 
 		 244 aa  290  1e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  59.23 
 
 		 242 aa  290  1e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  58.8 
 
 		 242 aa  290  2e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  58.8 
 
 		 242 aa  288  6e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  58.8 
 
 		 242 aa  288  6e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  58.8 
 
 		 242 aa  288  6e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  58.8 
 
 		 242 aa  288  7e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  58.8 
 
 		 242 aa  288  7e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 240 aa  287  1e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  58.37 
 
 		 242 aa  285  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  57.94 
 
 		 242 aa  285  4e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  57.94 
 
 		 242 aa  282  4.0000000000000003e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.08 
 
 		 243 aa  282  4.0000000000000003e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  57.56 
 
 		 249 aa  280  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  58.22 
 
 		 233 aa  275  4e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  54.27 
 
 		 240 aa  275  6e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  56.84 
 
 		 239 aa  271  5.000000000000001e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  56.41 
 
 		 239 aa  271  8.000000000000001e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  54.27 
 
 		 248 aa  270  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 245 aa  238  4e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  50.43 
 
 		 240 aa  225  6e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 231 aa  215  5.9999999999999996e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 231 aa  215  5.9999999999999996e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  49.11 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  45.49 
 
 		 233 aa  212  3.9999999999999995e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.13 
 
 		 242 aa  211  7.999999999999999e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  46.78 
 
 		 245 aa  208  8e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  46.36 
 
 		 233 aa  207  9e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.23 
 
 		 243 aa  207  2e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.84 
 
 		 240 aa  206  4e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  45.27 
 
 		 244 aa  203  2e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  43.7 
 
 		 245 aa  199  3.9999999999999996e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  44.73 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  44.87 
 
 		 230 aa  194  8.000000000000001e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  42.68 
 
 		 243 aa  193  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 257 aa  189  5e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0593  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 239 aa  187  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000243633  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 245 aa  185  6e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 239 aa  182  6e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  41.3 
 
 		 239 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.16 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  45.11 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.92 
 
 		 245 aa  166  5e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 259 aa  164  9e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.29 
 
 		 231 aa  164  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  43.1 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 236 aa  160  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  41.99 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  41.99 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.99 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.99 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  41.99 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.42 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.93 
 
 		 238 aa  159  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.99 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.42 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.42 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.42 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.99 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.99 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  40.52 
 
 		 229 aa  159  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.99 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 251 aa  158  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  43.1 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 229 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.86 
 
 		 237 aa  156  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 256 aa  156  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 233 aa  156  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 245 aa  155  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.69 
 
 		 235 aa  155  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 231 aa  155  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.69 
 
 		 235 aa  155  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 240 aa  155  6e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.69 
 
 		 235 aa  155  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 230 aa  154  9e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  36.82 
 
 		 255 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  40.93 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.13 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.78 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.95 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  39.5 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.5 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.5 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  39.08 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 236 aa  152  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.81 
 
 		 232 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.07 
 
 		 251 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 236 aa  150  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.26 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.85 
 
 		 235 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>