More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_3219 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  100 
 
 		 249 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  71.37 
 
 		 243 aa  348  3e-95  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  62.29 
 
 		 248 aa  306  1.0000000000000001e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  59.92 
 
 		 240 aa  304  1.0000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  60 
 
 		 242 aa  297  9e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  61.97 
 
 		 242 aa  297  1e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  61.97 
 
 		 242 aa  297  1e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  61.97 
 
 		 242 aa  297  1e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  61.97 
 
 		 242 aa  297  1e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  61.97 
 
 		 242 aa  296  2e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  61.97 
 
 		 242 aa  296  3e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  61.54 
 
 		 242 aa  295  4e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  61.54 
 
 		 242 aa  295  4e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  60.26 
 
 		 242 aa  291  6e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60.59 
 
 		 244 aa  287  1e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  62.22 
 
 		 233 aa  286  2e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  57.81 
 
 		 240 aa  284  8e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  57.56 
 
 		 245 aa  280  1e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  56.65 
 
 		 239 aa  266  2.9999999999999995e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  56.22 
 
 		 239 aa  265  4e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  53.97 
 
 		 245 aa  257  1e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  49.58 
 
 		 243 aa  229  2e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.74 
 
 		 240 aa  227  1e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  49.58 
 
 		 240 aa  226  2e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  50.63 
 
 		 233 aa  226  3e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  49.57 
 
 		 231 aa  224  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  49.57 
 
 		 231 aa  224  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  47.21 
 
 		 230 aa  215  5.9999999999999996e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.69 
 
 		 242 aa  213  2.9999999999999995e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  46.84 
 
 		 243 aa  209  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  45.06 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  49.36 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  47.79 
 
 		 230 aa  204  1e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  44.68 
 
 		 239 aa  202  4e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  47.83 
 
 		 245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 239 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  44.54 
 
 		 244 aa  194  8.000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 239 aa  193  2e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0593  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.4 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000243633  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  45.3 
 
 		 257 aa  186  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.27 
 
 		 245 aa  181  8.000000000000001e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 232 aa  181  1e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  41.49 
 
 		 273 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.59 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  40.93 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 249 aa  162  5.0000000000000005e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.37 
 
 		 240 aa  159  4e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 238 aa  158  8e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.63 
 
 		 231 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.46 
 
 		 235 aa  158  9e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.24 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.15 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.15 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 242 aa  156  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.15 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 238 aa  156  4e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  42.02 
 
 		 247 aa  155  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.77 
 
 		 231 aa  155  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 243 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  42.37 
 
 		 236 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 259 aa  155  8e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 242 aa  154  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 264 aa  153  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  38.4 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  38.4 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.45 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  38.4 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.77 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.34 
 
 		 233 aa  152  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.24 
 
 		 258 aa  152  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 242 aa  152  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  37.34 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  35.8 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  36.73 
 
 		 292 aa  150  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.34 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.34 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.34 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.34 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  36.13 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  37.34 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.34 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 231 aa  151  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>