More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1128 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  100 
 
 		 248 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  79.2 
 
 		 251 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  60.4 
 
 		 262 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  57.92 
 
 		 266 aa  279  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.53 
 
 		 266 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  57.49 
 
 		 236 aa  265  8e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.48 
 
 		 267 aa  257  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  48.58 
 
 		 236 aa  241  7e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  48.58 
 
 		 236 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  53.44 
 
 		 236 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.04 
 
 		 236 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.63 
 
 		 252 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  52.23 
 
 		 236 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  51.01 
 
 		 236 aa  227  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.82 
 
 		 247 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  51.19 
 
 		 237 aa  223  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.39 
 
 		 236 aa  222  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  50.2 
 
 		 236 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.65 
 
 		 264 aa  206  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.8 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  45.31 
 
 		 380 aa  177  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  44.58 
 
 		 245 aa  164  9e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  40.48 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  40.87 
 
 		 559 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  41.27 
 
 		 245 aa  161  8.000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  40.87 
 
 		 559 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  40.87 
 
 		 574 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  40.87 
 
 		 571 aa  161  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  40.87 
 
 		 585 aa  161  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  40.87 
 
 		 563 aa  161  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  40.87 
 
 		 557 aa  160  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 245 aa  159  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.08 
 
 		 249 aa  158  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.87 
 
 		 646 aa  158  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  40.87 
 
 		 690 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  42.25 
 
 		 421 aa  157  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  41.6 
 
 		 694 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  42.52 
 
 		 232 aa  155  6e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  39.84 
 
 		 243 aa  155  7e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  41.38 
 
 		 610 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  40.48 
 
 		 623 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  40.08 
 
 		 669 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  40.08 
 
 		 669 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.08 
 
 		 650 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  41 
 
 		 631 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.29 
 
 		 624 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  36.3 
 
 		 273 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  37.25 
 
 		 250 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  38.25 
 
 		 278 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  40 
 
 		 234 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  39.06 
 
 		 591 aa  144  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.47 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  39.31 
 
 		 674 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  38.7 
 
 		 627 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  37.73 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  37.85 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  36.25 
 
 		 248 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.71 
 
 		 416 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.5 
 
 		 360 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  36.86 
 
 		 649 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  38.4 
 
 		 379 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.21 
 
 		 305 aa  123  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  33.47 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  26.64 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  34.14 
 
 		 255 aa  92.8  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  28.23 
 
 		 249 aa  84.7  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  27.69 
 
 		 340 aa  82  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  27.42 
 
 		 266 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  27.42 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  30.08 
 
 		 241 aa  79  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  27.35 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  27.64 
 
 		 384 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  26.45 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  26.53 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.03 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  28.46 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.64 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  27.76 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  28 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  29.44 
 
 		 271 aa  73.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.89 
 
 		 268 aa  72  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  29.77 
 
 		 250 aa  72  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  29.48 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  30.28 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  27.38 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  25.91 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  25.7 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  26.98 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  29.73 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  25.48 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  29.44 
 
 		 274 aa  67  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  24.8 
 
 		 244 aa  67  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  27.24 
 
 		 239 aa  67  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  24.21 
 
 		 229 aa  67  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  22.62 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  26.34 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  25 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  25 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  25 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  25 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>