More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1189 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  100 
 
 		 236 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  75.42 
 
 		 236 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  74.58 
 
 		 236 aa  377  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.17 
 
 		 252 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.63 
 
 		 236 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  57.2 
 
 		 236 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.78 
 
 		 247 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.36 
 
 		 236 aa  279  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  56.36 
 
 		 236 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  55.51 
 
 		 236 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  54.66 
 
 		 236 aa  251  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  51.01 
 
 		 248 aa  238  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  48.78 
 
 		 262 aa  237  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.81 
 
 		 251 aa  219  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  45.17 
 
 		 266 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.17 
 
 		 266 aa  206  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.42 
 
 		 267 aa  193  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  42.68 
 
 		 380 aa  183  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.44 
 
 		 247 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  40.82 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.63 
 
 		 245 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.25 
 
 		 264 aa  168  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  42.62 
 
 		 237 aa  168  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  41.77 
 
 		 249 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  40.56 
 
 		 557 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.96 
 
 		 249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  41.77 
 
 		 571 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  41.77 
 
 		 574 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  41.77 
 
 		 585 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  41.77 
 
 		 563 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  41.77 
 
 		 559 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  41.77 
 
 		 559 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  39.21 
 
 		 234 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  41.08 
 
 		 232 aa  156  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  40.16 
 
 		 623 aa  155  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  38.02 
 
 		 243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.36 
 
 		 646 aa  154  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  39.36 
 
 		 690 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.76 
 
 		 650 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  37.75 
 
 		 250 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  39.36 
 
 		 669 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  39.36 
 
 		 669 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  38.74 
 
 		 610 aa  151  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  38.98 
 
 		 631 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.33 
 
 		 416 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.44 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  37.73 
 
 		 273 aa  148  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  39.44 
 
 		 421 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  37.75 
 
 		 649 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  37.6 
 
 		 379 aa  145  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  37.7 
 
 		 266 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  37.94 
 
 		 694 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  37.15 
 
 		 627 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.75 
 
 		 624 aa  143  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  36.95 
 
 		 248 aa  142  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.95 
 
 		 360 aa  141  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  35.08 
 
 		 591 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  37.15 
 
 		 674 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  35.96 
 
 		 304 aa  137  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.29 
 
 		 305 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  36.11 
 
 		 278 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  34.17 
 
 		 252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  31.38 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  26.41 
 
 		 227 aa  92.8  4e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  28.76 
 
 		 384 aa  91.7  9e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  28.27 
 
 		 340 aa  90.9  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  28.33 
 
 		 385 aa  89.7  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  28.76 
 
 		 298 aa  86.3  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  29.92 
 
 		 249 aa  85.9  5e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  28.33 
 
 		 298 aa  85.9  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  29.18 
 
 		 241 aa  85.5  7e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  26.69 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  26.69 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  26.69 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  26.69 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  26.69 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  26.69 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  26.69 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  26.69 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  26.27 
 
 		 235 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.21 
 
 		 247 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.17 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  27.39 
 
 		 389 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  26.27 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  26.78 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  28.94 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  25.32 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  27.39 
 
 		 237 aa  75.1  0.0000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  24.68 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  25.93 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  28.15 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  25.21 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  25.96 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  28.27 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  30.89 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  26.29 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  25.1 
 
 		 302 aa  72.4  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  28.35 
 
 		 562 aa  71.6  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  28.05 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>