More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Athe_1220 on replicon NC_012034
Organism: Anaerocellum thermophilum DSM 6725



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  100 
 
 		 233 aa  468  1.0000000000000001e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  48.47 
 
 		 240 aa  217  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  47.62 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  44.84 
 
 		 245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.83 
 
 		 243 aa  211  7e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  45.89 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  46.36 
 
 		 245 aa  207  8e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  45.06 
 
 		 249 aa  206  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  44.1 
 
 		 248 aa  205  6e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 240 aa  204  9e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  45.5 
 
 		 231 aa  201  9e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  45.5 
 
 		 231 aa  201  9e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 242 aa  201  9e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.4 
 
 		 244 aa  199  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 242 aa  198  5e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  43.35 
 
 		 242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  43.35 
 
 		 242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  42.31 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  41.88 
 
 		 239 aa  196  3e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  42.92 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  42.92 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  42.92 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  42.92 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  42.92 
 
 		 242 aa  194  7e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  42.92 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.29 
 
 		 235 aa  189  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.29 
 
 		 235 aa  189  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  43.61 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  43.61 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.61 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.61 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.29 
 
 		 235 aa  189  2.9999999999999997e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.17 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.61 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.61 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  43.61 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.61 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.61 
 
 		 231 aa  188  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.26 
 
 		 231 aa  188  7e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.74 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.17 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.17 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  43.36 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.17 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.17 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 240 aa  186  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  42.79 
 
 		 230 aa  185  4e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.35 
 
 		 235 aa  185  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  41.96 
 
 		 233 aa  182  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  41.95 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.42 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.54 
 
 		 232 aa  181  6e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  43.22 
 
 		 243 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.86 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.97 
 
 		 237 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.1 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  42.04 
 
 		 233 aa  176  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.1 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.41 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  43.1 
 
 		 244 aa  176  4e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.79 
 
 		 240 aa  175  5e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 245 aa  175  7e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 245 aa  174  8e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0867  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.18 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 244 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.76 
 
 		 242 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  39.22 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 243 aa  171  5.999999999999999e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  41.92 
 
 		 230 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  40.78 
 
 		 257 aa  171  9e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  37.5 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  43.42 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.98 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  43.86 
 
 		 229 aa  168  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  42.41 
 
 		 229 aa  167  9e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  39.74 
 
 		 239 aa  167  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 242 aa  166  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  36.56 
 
 		 231 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  37.44 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.42 
 
 		 235 aa  165  5e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  37.22 
 
 		 234 aa  165  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.5 
 
 		 247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.67 
 
 		 238 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 242 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  38.79 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  36.29 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  40.53 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  37.22 
 
 		 238 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 230 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 237 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 240 aa  161  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  35.43 
 
 		 240 aa  161  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>