More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0779 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 240 aa  487  1e-137  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  57.89 
 
 		 237 aa  278  4e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.89 
 
 		 237 aa  278  4e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  59.4 
 
 		 252 aa  274  9e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60.34 
 
 		 251 aa  273  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  58.4 
 
 		 248 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  54.55 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.14 
 
 		 238 aa  271  9e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  57.58 
 
 		 238 aa  271  9e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  58.01 
 
 		 238 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  53.68 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  59.39 
 
 		 238 aa  268  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  58.65 
 
 		 245 aa  268  4e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  57.98 
 
 		 248 aa  268  4e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  56.71 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.71 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.71 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2512  pseudouridine synthase  58.01 
 
 		 238 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  56.71 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1876  pseudouridine synthase, Rsu  58.01 
 
 		 238 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.471892  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  56.71 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2487  pseudouridine synthase, Rsu  58.01 
 
 		 238 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.428449  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  56.71 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  56.71 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  59.31 
 
 		 238 aa  258  8e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.98 
 
 		 235 aa  256  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.71 
 
 		 252 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  55.17 
 
 		 249 aa  249  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  55.6 
 
 		 241 aa  248  4e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.13 
 
 		 261 aa  247  9e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  52.99 
 
 		 244 aa  243  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  54.7 
 
 		 236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  52.05 
 
 		 245 aa  240  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.7 
 
 		 245 aa  239  4e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  53.95 
 
 		 234 aa  236  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  51.84 
 
 		 249 aa  234  8e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.63 
 
 		 239 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  50.41 
 
 		 247 aa  227  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.65 
 
 		 233 aa  227  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.12 
 
 		 253 aa  223  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  37.78 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 245 aa  159  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  42.19 
 
 		 244 aa  159  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  41.96 
 
 		 245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 239 aa  154  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  33.19 
 
 		 230 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.13 
 
 		 235 aa  151  8e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 240 aa  151  8.999999999999999e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.65 
 
 		 235 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  32.9 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  32.9 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  39.47 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  37.07 
 
 		 234 aa  149  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 247 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  40.2 
 
 		 256 aa  148  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 242 aa  148  7e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  40.2 
 
 		 246 aa  148  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  40.2 
 
 		 250 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  40.2 
 
 		 246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.32 
 
 		 240 aa  146  3e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.76 
 
 		 235 aa  146  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  37.68 
 
 		 229 aa  145  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.83 
 
 		 232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.24 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  41.53 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.83 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.71 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.96 
 
 		 235 aa  141  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.96 
 
 		 235 aa  141  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.47 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  34.47 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  34.47 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  34.47 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  35.5 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  34.47 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.04 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.39 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.47 
 
 		 242 aa  139  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.52 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  34.65 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.21 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 242 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 230 aa  138  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  30.74 
 
 		 232 aa  138  7e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.81 
 
 		 235 aa  138  8.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  34.91 
 
 		 230 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  34.47 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  34.76 
 
 		 242 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  31.25 
 
 		 242 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>