More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0599 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  100 
 
 		 234 aa  477  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  76.69 
 
 		 261 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  75 
 
 		 238 aa  364  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  77.97 
 
 		 236 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  75.43 
 
 		 240 aa  362  3e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  75.43 
 
 		 240 aa  362  3e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  75.43 
 
 		 240 aa  362  3e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  75.43 
 
 		 240 aa  362  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  74.57 
 
 		 238 aa  362  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  75.43 
 
 		 240 aa  362  3e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  75.43 
 
 		 240 aa  362  3e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  75.43 
 
 		 240 aa  362  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  73.39 
 
 		 238 aa  360  9e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  75.86 
 
 		 252 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  76.39 
 
 		 238 aa  351  7e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1876  pseudouridine synthase, Rsu  74.79 
 
 		 238 aa  350  8e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.471892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2487  pseudouridine synthase, Rsu  74.79 
 
 		 238 aa  350  8e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.428449  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2512  pseudouridine synthase  75.11 
 
 		 238 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  58.44 
 
 		 237 aa  277  1e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  58.44 
 
 		 237 aa  277  1e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.28 
 
 		 235 aa  263  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  52.92 
 
 		 249 aa  261  4.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  55.17 
 
 		 248 aa  258  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  54.94 
 
 		 248 aa  258  7e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  52.16 
 
 		 241 aa  254  7e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  54.94 
 
 		 252 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.24 
 
 		 245 aa  253  3e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  54.43 
 
 		 245 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.56 
 
 		 251 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  51.02 
 
 		 245 aa  248  5e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  51.02 
 
 		 247 aa  246  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.08 
 
 		 238 aa  244  8e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.95 
 
 		 240 aa  244  9e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.36 
 
 		 233 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  49.33 
 
 		 241 aa  241  9e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  48.05 
 
 		 241 aa  240  1e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  49.37 
 
 		 244 aa  236  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.7 
 
 		 239 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  49.37 
 
 		 253 aa  227  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  47.97 
 
 		 249 aa  225  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  37.22 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 245 aa  156  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 255 aa  152  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  38.72 
 
 		 234 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 242 aa  149  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 244 aa  149  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 245 aa  148  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 245 aa  148  7e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  35.11 
 
 		 239 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.53 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  33.62 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  38.01 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  38.12 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 231 aa  142  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.62 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  33.62 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  34.04 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  33.62 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  33.62 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 231 aa  142  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.4 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.62 
 
 		 242 aa  142  6e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  33.62 
 
 		 242 aa  142  6e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  38.79 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.07 
 
 		 231 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 243 aa  140  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  38.36 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.91 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 242 aa  139  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.8 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.8 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.09 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.8 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.8 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.09 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  32.35 
 
 		 243 aa  139  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  39.64 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  37.04 
 
 		 242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  43.1 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  43.1 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.1 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.1 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  43.1 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.1 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.1 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.1 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.1 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  34.05 
 
 		 239 aa  138  6e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  34.05 
 
 		 239 aa  138  7e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  33.78 
 
 		 233 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 242 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.66 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>