More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1626 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  100 
 
 		 249 aa  508  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  72.24 
 
 		 247 aa  363  2e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  75.62 
 
 		 244 aa  358  7e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  70.2 
 
 		 245 aa  353  2e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  69.8 
 
 		 245 aa  350  2e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  74.79 
 
 		 239 aa  348  6e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  72.76 
 
 		 249 aa  347  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  63.64 
 
 		 253 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  61.34 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  58.85 
 
 		 237 aa  285  7e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  58.85 
 
 		 237 aa  285  7e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  56.45 
 
 		 241 aa  275  7e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  54.73 
 
 		 238 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  55.14 
 
 		 238 aa  271  7e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  57.61 
 
 		 238 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  59.49 
 
 		 248 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  56.15 
 
 		 245 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  58.9 
 
 		 252 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  59.49 
 
 		 248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.91 
 
 		 238 aa  269  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.88 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.74 
 
 		 251 aa  263  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.5 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  53.5 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.5 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  53.5 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  53.5 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  53.5 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  53.5 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.26 
 
 		 238 aa  261  6.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  52.1 
 
 		 241 aa  258  6e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  51.68 
 
 		 241 aa  258  8e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.26 
 
 		 252 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  52.92 
 
 		 234 aa  254  6e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2512  pseudouridine synthase  55.14 
 
 		 238 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1876  pseudouridine synthase, Rsu  54.73 
 
 		 238 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.471892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2487  pseudouridine synthase, Rsu  54.73 
 
 		 238 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.428449  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.17 
 
 		 240 aa  249  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.65 
 
 		 261 aa  248  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  51.65 
 
 		 236 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 242 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 229 aa  166  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 235 aa  164  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 235 aa  164  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 245 aa  164  9e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.67 
 
 		 235 aa  162  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  40.42 
 
 		 234 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  41.87 
 
 		 246 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.67 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.75 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.59 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  40.5 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 256 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 250 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 246 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.59 
 
 		 235 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  40.51 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  40.51 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.51 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  40.51 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.51 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.51 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.51 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.51 
 
 		 231 aa  159  6e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.72 
 
 		 231 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.72 
 
 		 231 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.72 
 
 		 231 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.72 
 
 		 231 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  41 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  41 
 
 		 236 aa  156  2e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  34.19 
 
 		 233 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 235 aa  156  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  38.84 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.3 
 
 		 231 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.08 
 
 		 231 aa  156  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 239 aa  155  6e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  38.17 
 
 		 242 aa  154  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  36.82 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  35.95 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  35.95 
 
 		 242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  35.95 
 
 		 242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  35.95 
 
 		 242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  35.95 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  36.36 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.82 
 
 		 232 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  35.95 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  35.95 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.66 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  36.97 
 
 		 229 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.6 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 231 aa  149  6e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  38.91 
 
 		 230 aa  149  6e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  36.21 
 
 		 233 aa  148  8e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  35.2 
 
 		 243 aa  148  9e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>