More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_0541 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  99.58 
 
 		 236 aa  474  1e-133  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  100 
 
 		 236 aa  476  1e-133  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  70.21 
 
 		 237 aa  347  9e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0451  pseudouridine synthase  69.83 
 
 		 233 aa  301  6.000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  53.97 
 
 		 244 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  54.17 
 
 		 246 aa  232  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  52.92 
 
 		 247 aa  230  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  50.63 
 
 		 245 aa  227  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  52.16 
 
 		 255 aa  226  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  51.67 
 
 		 242 aa  224  6e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  51.45 
 
 		 242 aa  224  9e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  50.62 
 
 		 242 aa  222  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2010  pseudouridine synthase, Rsu  46.98 
 
 		 228 aa  219  3e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2175  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.69 
 
 		 251 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1833  pseudouridine synthase  50.69 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.498087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  47.75 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  44.84 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0728  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.28 
 
 		 237 aa  178  5.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.101731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 251 aa  168  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  44.13 
 
 		 245 aa  164  8e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  42.68 
 
 		 247 aa  164  9e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 233 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 233 aa  159  4e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  41 
 
 		 249 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_89465  predicted protein  41.52 
 
 		 287 aa  156  2e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  39.57 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  39.57 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.4 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  39.57 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  39.57 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.4 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.57 
 
 		 242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  40 
 
 		 245 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  39.57 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  39.57 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.98 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  39.15 
 
 		 242 aa  151  8e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 239 aa  151  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 242 aa  151  8e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  42.8 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.8 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.8 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  42.8 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.8 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.8 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.8 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.8 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.8 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  40.17 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.81 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.62 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  40 
 
 		 242 aa  149  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.98 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.91 
 
 		 239 aa  148  6e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  35.9 
 
 		 231 aa  148  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  35.9 
 
 		 231 aa  148  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  41.45 
 
 		 252 aa  148  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  38.52 
 
 		 244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 240 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.95 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  38.94 
 
 		 233 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 248 aa  144  9e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 241 aa  144  9e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.98 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  36.97 
 
 		 239 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  36.97 
 
 		 239 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.28 
 
 		 235 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.34 
 
 		 235 aa  142  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.66 
 
 		 243 aa  142  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 252 aa  142  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 248 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  38.33 
 
 		 230 aa  141  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  38.78 
 
 		 249 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  39.66 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.66 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.5 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 236 aa  139  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  45.75 
 
 		 257 aa  139  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 235 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  36.67 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 230 aa  137  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  39.15 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  39.75 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.23 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>