More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_3321 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  99.57 
 
 
231 aa  477  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  93.91 
 
 
231 aa  451  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  89.13 
 
 
235 aa  421  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  82.61 
 
 
235 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  82.61 
 
 
235 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  82.17 
 
 
235 aa  402  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  81.74 
 
 
237 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  77.39 
 
 
231 aa  387  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  77.39 
 
 
231 aa  384  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  77.39 
 
 
232 aa  385  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  74.78 
 
 
232 aa  376  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.83 
 
 
235 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  58.26 
 
 
229 aa  265  4e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.83 
 
 
235 aa  264  7e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.96 
 
 
231 aa  263  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  56.09 
 
 
229 aa  259  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  55.65 
 
 
230 aa  259  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.52 
 
 
235 aa  257  9e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  53.48 
 
 
256 aa  254  8e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  52.17 
 
 
230 aa  251  6e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.94 
 
 
233 aa  251  8.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  55.22 
 
 
246 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  54.78 
 
 
250 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  54.78 
 
 
256 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  52.79 
 
 
234 aa  244  6e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  54.78 
 
 
246 aa  244  6e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  52.61 
 
 
230 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  53.91 
 
 
230 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  53.04 
 
 
229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.59 
 
 
233 aa  236  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  50.43 
 
 
230 aa  237  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.36 
 
 
232 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.22 
 
 
232 aa  218  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.13 
 
 
243 aa  218  7.999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.69 
 
 
242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  45.85 
 
 
229 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  47.62 
 
 
231 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  47.21 
 
 
238 aa  206  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  47.83 
 
 
230 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  46.49 
 
 
230 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  46.75 
 
 
239 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  47.64 
 
 
233 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  46.96 
 
 
230 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  46.35 
 
 
233 aa  197  9e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  46.78 
 
 
233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  44.1 
 
 
236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  46.78 
 
 
233 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.39 
 
 
230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.05 
 
 
230 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  45.65 
 
 
230 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  48.68 
 
 
229 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.37 
 
 
230 aa  192  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  42.86 
 
 
239 aa  191  9e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.48 
 
 
229 aa  190  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  42.31 
 
 
234 aa  190  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  43.61 
 
 
233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  41.78 
 
 
251 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  43.4 
 
 
233 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  45.65 
 
 
233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  44.35 
 
 
232 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  41.2 
 
 
234 aa  181  8.000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.95 
 
 
239 aa  180  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  42.17 
 
 
230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  41.35 
 
 
244 aa  178  4.999999999999999e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  42.29 
 
 
234 aa  178  8e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.34 
 
 
240 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  40.61 
 
 
241 aa  175  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  40.61 
 
 
241 aa  174  8e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13500  Pseudouridine synthase, Rsu A  44.35 
 
 
230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  41.05 
 
 
256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  41.05 
 
 
235 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  42.24 
 
 
233 aa  172  5e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  41.28 
 
 
243 aa  172  5e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  41.05 
 
 
256 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  39.74 
 
 
237 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  41.05 
 
 
256 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  41.56 
 
 
241 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  40.97 
 
 
247 aa  168  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  39.3 
 
 
236 aa  168  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  39.57 
 
 
239 aa  167  9e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  38.79 
 
 
230 aa  167  9e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  40 
 
 
249 aa  167  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  40.27 
 
 
234 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  38.26 
 
 
240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  40.27 
 
 
236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  42.26 
 
 
245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
242 aa  162  4.0000000000000004e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  41.99 
 
 
245 aa  159  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>