More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0375 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  100 
 
 		 241 aa  506  9.999999999999999e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  87.92 
 
 		 241 aa  453  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.41 
 
 		 251 aa  281  6.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  55.56 
 
 		 252 aa  279  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.52 
 
 		 238 aa  279  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.55 
 
 		 240 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  54.7 
 
 		 248 aa  267  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  55.17 
 
 		 248 aa  266  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  51.91 
 
 		 238 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.91 
 
 		 238 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  51.49 
 
 		 238 aa  262  4e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  52.07 
 
 		 244 aa  261  8.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 245 aa  259  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  51.68 
 
 		 249 aa  258  8e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.95 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  51.72 
 
 		 237 aa  255  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.72 
 
 		 237 aa  255  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  49.59 
 
 		 245 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1876  pseudouridine synthase, Rsu  52.34 
 
 		 238 aa  254  8e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.471892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2487  pseudouridine synthase, Rsu  52.34 
 
 		 238 aa  254  8e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.428449  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.84 
 
 		 239 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  51.49 
 
 		 238 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  52.38 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  52.38 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  52.38 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  52.38 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  52.38 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.56 
 
 		 252 aa  252  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2512  pseudouridine synthase  51.91 
 
 		 238 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  51.72 
 
 		 241 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  50.41 
 
 		 247 aa  247  9e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  49.16 
 
 		 245 aa  244  6e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 235 aa  236  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  49.59 
 
 		 249 aa  235  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.5 
 
 		 261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  48.05 
 
 		 234 aa  232  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 236 aa  231  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 253 aa  229  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 242 aa  155  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 246 aa  154  9e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  36.68 
 
 		 255 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  36.44 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  39.65 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  37.97 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  35.43 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.78 
 
 		 235 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 240 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 235 aa  145  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  35.81 
 
 		 244 aa  145  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  34.22 
 
 		 241 aa  145  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.21 
 
 		 237 aa  144  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.71 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 231 aa  143  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 231 aa  143  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 230 aa  143  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  35.04 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  35.04 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  35.04 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  142  7e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  33.47 
 
 		 232 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  35.34 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.04 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.31 
 
 		 232 aa  138  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.21 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  36.36 
 
 		 243 aa  138  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  44.05 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 230 aa  137  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.04 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.62 
 
 		 231 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  34.93 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 248 aa  135  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 250 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  33.33 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  33.76 
 
 		 235 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.4 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  31.4 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  31.4 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  31.4 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 242 aa  132  5e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>