More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_1876 on replicon NC_008060
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008060  Bcen_1876  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 238 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.471892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2487  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 238 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.428449  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2512  pseudouridine synthase  98.74 
 
 		 238 aa  475  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  94.96 
 
 		 238 aa  463  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  93.28 
 
 		 238 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  92.86 
 
 		 238 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  89.92 
 
 		 238 aa  413  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  78.15 
 
 		 240 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  78.15 
 
 		 240 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  78.15 
 
 		 240 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  78.15 
 
 		 240 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  78.15 
 
 		 240 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  78.15 
 
 		 240 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  78.15 
 
 		 240 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  79.41 
 
 		 252 aa  378  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  75.11 
 
 		 234 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  71.06 
 
 		 261 aa  341  8e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  72.77 
 
 		 236 aa  340  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  61.9 
 
 		 237 aa  294  9e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  61.9 
 
 		 237 aa  294  9e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  59.74 
 
 		 235 aa  279  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  58.23 
 
 		 245 aa  278  6e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  58.01 
 
 		 240 aa  273  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  59.48 
 
 		 251 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  57.76 
 
 		 248 aa  269  4e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  54.73 
 
 		 249 aa  268  5e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.26 
 
 		 238 aa  267  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.51 
 
 		 245 aa  266  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  56.84 
 
 		 248 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  52.34 
 
 		 241 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  58.12 
 
 		 252 aa  265  4e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  54.69 
 
 		 247 aa  262  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  54.69 
 
 		 245 aa  262  4e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  51.48 
 
 		 241 aa  261  6e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  52.5 
 
 		 244 aa  254  8e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  51.9 
 
 		 239 aa  251  6e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  50.86 
 
 		 241 aa  251  7e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.68 
 
 		 233 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.07 
 
 		 253 aa  238  8e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  52.24 
 
 		 249 aa  236  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  36.77 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.38 
 
 		 231 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  39.06 
 
 		 234 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.58 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.58 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.42 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.11 
 
 		 235 aa  148  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  45.98 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  45.98 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.98 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.98 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.98 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.98 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  45.98 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.98 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.49 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.98 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.06 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.83 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.83 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.83 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.83 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.25 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.02 
 
 		 243 aa  142  6e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 240 aa  141  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 244 aa  141  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  32.91 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  37.12 
 
 		 229 aa  140  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 242 aa  139  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.66 
 
 		 232 aa  138  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 242 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  38.33 
 
 		 246 aa  137  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  34.44 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 245 aa  136  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.29 
 
 		 232 aa  136  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 231 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.68 
 
 		 235 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 255 aa  135  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  37.37 
 
 		 256 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  39.66 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.24 
 
 		 235 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 243 aa  134  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  32.62 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  37.78 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  36.68 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  35.19 
 
 		 248 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  32.92 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>